R: source() и путь к исходным файлам

Если вы распространяете сценарий среди коллег, вам действительно не следует писать сценарий, использующий другие сценарии. Что, если вы захотите переименовать или переместить functions.R в будущем? Что делать, если вам нужно изменить функцию в functions.R, но wrapper.R полагается на более старую версию этой функции? Это хлипкое решение, которое вызовет головную боль. Вместо этого я бы порекомендовал одно из следующих.

1. Поместите все необходимое в один автономный скрипт и распространяйте его.

2. Если вы действительно хотите разделить код на разные файлы, напишите пакет. Может показаться излишним, но на самом деле пакеты могут быть очень простыми и легкими. В простейшей форме пакет — это просто каталог с файлами DESCRIPTION и NAMESPACE, а также каталог R/. Хэдли красиво объясняет это: https://r-pkgs.org/whole-game.html< /а>.

Это можно сделать с помощью пакета здесь. Он использует «текущий рабочий каталог на момент загрузки пакета». Другими словами, каталог, из которого вы начинаете сеанс R.

В вашем случае код будет таким:

source(here::here('functions.R'))

Это будет работать, даже если скрипт-оболочка wrapper.R находится в другом каталоге проекта.

Если functions.R находится в подкаталоге проекта, просто добавьте его к вызову here(), чтобы завершить относительный путь:

source(here::here('subdirectory', 'functions.R'))

Возможно, вы можете определить вспомогательную функцию в wrapper.R, которая попытается загрузить другие файлы из того же каталога. Например

source_here <- function(x, ...) {
    dir <- "."
    if(sys.nframe()>0) {
        frame <- sys.frame(1)
        if (!is.null(frame$ofile)) {
            dir <- dirname(frame$ofile)
        }
    }
    source(file.path(dir, x), ...)
}

Тогда вы бы позвонили

# inside wrapper.R
source_here("functions.R")

Тогда у вас будет просто источник wrapper.R, и он будет искать functions.R в том же каталоге.

Один ответ, которого я еще не видел, - просто использовать абсолютные пути. Когда вы source("myfunctions.R") используете неявный относительный путь из getwd(). Используйте полный путь, чтобы избежать проблем при смене рабочего каталога. Хотя, при совместном использовании работы, другим придется менять все пути самостоятельно.

source принципиально не поддерживает это. В других ответах показаны некоторые обходные пути, которые работают в ограниченных случаях, но не работают в некоторых (общих) случаях. В частности, chdir = TRUE не лучший вариант, как вы сами заметили.

Лучшим решением будет box::use из пакета ‘box. Этот пакет позволяет обрабатывать исходный код R как правильные модули. Одним из свойств этого является то, что модули могут загружать локальные модули.

Внутри вашего wrapper.R замените вызов source на

box::use(./functions[...])

Или, если вы хотите экспортировать эти функции из модуля wrapper.R (а не использовать их внутри), сделайте следующее:

#' @export
box::use(./functions[...])

И чтобы загрузить сам wrapper.R, используйте

box::use(project/wrapper)

Где project — это имя проекта, которое должно соответствовать имени папки, в которой сохранен ваш скрипт wrapper.R.

Дополнительную информацию о использование «коробочных» модулей.