Как повторить блок кода для выборки 2 значений в r?

(Я новичок в этом, поэтому теперь редактирую свой вопрос в качестве воспроизводимого примера).

Я рассмотрел функции начальной загрузки, цикла и репликации и не могу понять, как повторить серию шагов (а не только одну функцию) в R и сохранить результат в кадре данных. Мне нужно случайным образом выбрать 2 значения из пула из 22 значений 9 раз. Затем проведите тест ранговой корреляции Спирмена для этого набора данных (2 столбца, 9 строк) 10 000 раз и сохраните значение каждой из этих итераций. Поэтому мне нужно повторить эти шаги менее 10 000 раз и сохранить каждый результат ранга копейщика.

#For each isotope (C,N,S) obtain two samples of nine individuals extracted
#at random from the pool of the studied population, n = 22 nestlings) and 
#compare their isotopic values with a Spearman rank correlation. 

# take a random sample of size 2 (9 times) from a dataset mysample
# sample without replacement

c13 = c(-25.12, -20.95, -23.98, -23.78,-25.45, -26.27, -11.13, -12.75, -18.77, -18.38, -16.65,
        -16.96, -16.71, -19.57, -20, -23.19, -17.38, -17.83, -18.86, -18.71, -25.57, -21.9)

n15 = c(10.22, 12.64, 11.06, 10.81, 11.55, 11.28, 16.37, 16.17, 13.52, 13.83, 14.27, 14.07, 14.25, 13.09,
        12.59, 11.42, 13.97, 13.77, 14, 15.21, 11.73, 11.8)

s34 =c (4.61, 12.35, 5.19, 5.54, 5.2, 5.12, 14.42, 14.56,
        12.78, 13.11, 18.78, 18.71, 19.19, 11.58, 11.08, 7.89, 17.51, 17.34, 12.55, 12.65, 6.42, 8.49)

df = data.frame(c13,n15,s34)

#c13
mysample <- matrix(sample(c13, 18), ncol=2)
 
#mysample is a vector
is.atomic(mysample)
  
#Convert vector to a dataframe for correlation test.
mysample <- as.data.frame(mysample)
is.atomic(mysample)
 
#name columns
colnames(mysample) <- c ("siblingcarbon1", "siblingcarbon2")
 
#Conduct a Spearman rank correlation test on these randomly selected values 
cor.test(mysample$siblingcarbon1,mysample$siblingcarbon2, method="spearman")
  
# For c13 repeat the prior process 10,000 times and store Spearman rank value for each run (not sure how to do this)

r loops statistics-bootstrap replicate
person EMC    schedule 26.05.2017    source источник
comment
Легче помочь, если вы предоставите воспроизводимый пример с образцом данные, чтобы мы могли скопировать/вставить код в R, чтобы запустить его.   -  person MrFlick    schedule 26.05.2017
comment
Разве это не mysample, @MrFlick? Я думаю, чего не хватает EMC, так это ожидаемого результата. (EMC, что вы пробовали? Вы можете использовать replicate(n, { expr; }) или любой из sapply, lapply, apply и т. д., а также списки из фреймов данных. И для протокола: одна функция — это просто параметризованная последовательность шагов... с другими преимуществами программирования, такими как пространства имен, область действия и т. д.)   -  person r2evans    schedule 26.05.2017
comment
сделать это функцией?   -  person RobertMyles    schedule 26.05.2017
comment
@r2evans Откуда baea$C13? Кажется, я не могу это запустить.   -  person MrFlick    schedule 26.05.2017
comment
@MrFlick, хороший момент ... я предполагал (моя ошибка), что действительные образцы данных будут работать с любым набором чисел вместо этого, но вы правы, что EMC должна определить, как выглядит этот набор. .   -  person r2evans    schedule 26.05.2017

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Обновите ответ на основе ваших правок:

c13 = c(-25.12, -20.95, -23.98, -23.78,-25.45, -26.27, -11.13, -12.75, -18.77, -18.38, -16.65, -16.96, -16.71, -19.57, -20, -23.19, -17.38, -17.83, -18.86, -18.71, -25.57, -21.9)
n15 = c(10.22, 12.64, 11.06, 10.81, 11.55, 11.28, 16.37, 16.17, 13.52, 13.83, 14.27, 14.07, 14.25, 13.09, 12.59, 11.42, 13.97, 13.77, 14, 15.21, 11.73, 11.8)
s34 =c (4.61, 12.35, 5.19, 5.54, 5.2, 5.12, 14.42, 14.56, 12.78, 13.11, 18.78, 18.71, 19.19, 11.58, 11.08, 7.89, 17.51, 17.34, 12.55, 12.65, 6.42, 8.49)
df = data.frame(c13,n15,s34)

#create a list to store your results
lst <- list()

#this statement does the repetition (looping)
for(i in 1:1000)
{

  mysample <- matrix(sample(c13, 18), ncol=2)
  #mysample is a vector 
  is.atomic(mysample)
  #Convert vector to a dataframe for correlation test. 
  mysample <- as.data.frame(mysample) 
  is.atomic(mysample)
  #name columns 
  colnames(mysample) <- c ("siblingcarbon1", "siblingcarbon2")
  #Conduct a Spearman rank correlation test on these randomly selected values 
  x <- cor.test(mysample$siblingcarbon1,mysample$siblingcarbon2, method="spearman")
  print(x$estimate)
  lst[i] <- x$estimate
}
str(lst)

Результаты будут сохранены в порядке запуска в lst. Запустил 10 раз (вместо 1000):

ул (первый)

List of 10
 $ : num -0.5
 $ : num -0.1
 $ : num 0.15
 $ : num -0.8
 $ : num 0.0167
 $ : num -0.617
 $ : num 0.183
 $ : num -0.617
 $ : num 0.2
 $ : num 0.05
person PhilC    schedule 26.05.2017
comment
Спасибо вам за помощь! Я обновил, чтобы включить данные, и попробовал код из PhilC. После просмотра lst с помощью str(lst) мне все еще не ясно, дает ли он мне список коэффициентов корреляции (rho)? - person EMC; 01.06.2017
comment
Пожалуйста, попробуйте обновленный код выше и отметьте его как ответ, если это необходимо. - person PhilC; 01.06.2017