Установка пакетов Bioconductor

Я установил R (3.4.0) на свой Ubuntu. Я хочу использовать пакет EdgeR. Я попытался следовать инструкциям по установке, доступным на веб-сайте Bioconductor, чтобы установить пакеты Bioconductor.

Я использовал следующие команды в R:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

но я получаю следующую ошибку:

    BioC_mirror: https://bioconductor.org
    Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.0), R 3.4.0 (2017-04-21).
    installation path not writeable, unable to update packages: spatial

Я новичок в Linux и не могу понять, как исправить ошибку.

Есть ли у кого-нибудь идеи, как я могу решить эту проблему.


r ubuntu installation bioconductor
person say.ff    schedule 27.06.2017    source источник
comment
Это может быть полезно: stackoverflow.com/a/28547511/3926543   -  person mt1022    schedule 27.06.2017
comment
Спасибо за ваш комментарий. Я читал это раньше, но не мог реализовать то, что они говорили.   -  person say.ff    schedule 27.06.2017

Ответы (2)


arrow_upward
3
arrow_downward

Вы также можете использовать devtools:

devtools::install_bioc("edgeR")
person Moody_Mudskipper    schedule 25.03.2019

arrow_upward
-1
arrow_downward

Вы можете попробовать http: //, если https: // URL-адреса не поддерживаются.

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")
person Peter Chung    schedule 27.06.2017