Обычно метод iconv выбирается из glibc, который связан во время сборки рассматриваемых пакетов R. Однако по какой-то причине iconv в этом случае преобразуется в libiconv, но он не связывается пакетами R во время сборки.

Оригинальный обходной путь

Можно сделать ссылку на libiconv явной, добавив следующую строку в исходный файл haven/src/Makevars

PKG_LIBS=-liconv

который затем позволит вам установить из исходного кода R CMD INSTALL haven. Тем не менее, редактирование пакетов кажется хакерским, плюс это то, что нужно будет делать при каждом обновлении, что звучит как хлопотно.

Более чистый обходной путь

Другой вариант — использовать withr::with_makevars, что позволяет временно контролировать Makevars контент. С помощью этой техники можно установить прямо из репо:

withr::with_makevars(c(PKG_LIBS="-liconv"), install.packages("haven"), assignment="+=")

Кредит: @knb предложил мне проверить readxl.so с ldd, и это оказалось очень полезным, поскольку показало, что общий объект даже не пытался ссылаться на libiconv. . Зная это, я понял, что могу вручную добавить ссылку с помощью флага -liconv. Спасибо @knb!

Дополнительная информация

Что касается пакетов, соответствующие сведения о подключении библиотек к пакетам R можно найти в руководство по созданию библиотек. Что касается конфигурации системы, R- руководство администратора содержит несколько полезных разделов.

Вы запускаете код в RStudio Server? Если это так, ответ здесь может быть полезен.

Раньше я встречал подобную ошибку при загрузке динамической библиотеки. Библиотека находилась в пути, содержащемся в LD_LIBRARY_PATH. Когда я запускал код в консоли R, он мог правильно загрузить динамическую библиотеку. Но когда я запустил его в RStudio, возникла та же ошибка, что и в вашем посте.

Причина в том, что RStudio Server имеет собственную среду поиска библиотек. Вы должны указать следующую конфигурацию в /etc/rstudio/rserver.conf:

rsession-ld-library-path=/usr/lib64/:/usr/local/lib/:OTHER_PATH_OF_YOUR_LIB

Перезапустите RStudio Server, и ошибка должна быть исправлена.

Эти библиотеки действительно должны быть стандартными в системе на основе RH, и их можно найти.

Если вам необходимо добавить их в R, вы должны сделать это до запуска R. Один из способов — через LD_LIBRARY_PATH, лучший способ — отредактировать файл в /etc/ld.so.conf.d/ (при условии, что в RH/CentOS это тоже есть). В противном случае, возможно, через /etc/environment.

Изменить. Если /etc/ недосягаемо, вы можете делать все, что ниже $HOME. Стандартная реализация оболочки работает, и R имеет свои собственные .Rprofile и .Renviron. Вы можете иметь их ниже $HOME для всех ваших проектов и/или в каталоге для каждого проекта --- см. help(Startup).

Я поместил операторы export LD_LIBRARY_PATH=... в файл ~/.profile. Таким образом, и командная строка R, и RStudio Server смогут найти общую библиотеку.

В моем случае я пытался получить пакет Rglpk, чтобы найти файл libglpk.so. Согласно записи в блоге Стефана Липпена, файл .profile является предпочтительным местом для таких конфигураций, не строго связанные с bash.

Вы установили R через rpm или сами скомпилировали?

решение 1

Если у вас есть разрешение на изменение исполняемого файла R (скрипт оболочки), вы можете попробовать следующее:

Изменить ~/.local/bin/R или /usr/local/bin/R или /usr/bin/R

#!/bin/bash
# Shell wrapper for R executable.

export LD_LIBRARY_PATH="<my_lib_Path>/readxl/libs/"
R_HOME_DIR=...
...
...

Решение 2

Или вы можете vim ~/.local/bin/R

#!/bin/bash
# Shell wrapper for R executable.

export LD_LIBRARY_PATH="<my_lib_Path>/readxl/libs/"

/usr/bin/R

затем добавьте ~/.local/bin к вашему PATH