количество строк в данных не соответствует количеству подсказок в дереве в филологическом

Кажется, я не вижу, где я ошибаюсь. Я использую пакет phylolm, чтобы сделать некоторые регрессии с филогенетическими данными.

моя модель не работает и возвращает ошибку: Ошибка в phyloglm(testVar ~ ...the number of rows in the data does not match the number of tips in the tree.

Я сделал все, чтобы проверить, но виды в моем дереве и в моих данных совпадают. мой код

diet<-read.csv("dat.csv",h=T,dec = ".")
phy=read.nexus("ConsTree.tre")# the phylogenetic data
keep.spp<-levels(diet$ScientificName)
phylo<-drop.tip(phy,phy$tip.label[-match(keep.spp, phy$tip.label)])

setdiff(phylo$tip.label,diet$ScientificName)# this confirms that all is OK
t1<-phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3, diet, phylo)

t1<-phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3, diet, phylo, 
             method = c("logistic_MPLE","logistic_IG10","poisson_GEE"), 
             btol = 10, log.alpha.bound = 4,
             start.beta=NULL, start.alpha=NULL,
             boot = 0, full.matrix = TRUE)

   #
    Error in phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3,..the number of rows in the data does not match the number of tips in the tree.

Может ли кто-нибудь указать, где я ошибаюсь?


r regression phylogeny
person Taw    schedule 20.07.2017    source источник
comment
Если вы все еще здесь, не могли бы вы опубликовать свой ConsTree.tre и заголовок в dat.csv? Я хотел бы знать, с каким набором данных вы работаете.   -  person M__    schedule 05.12.2018

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

извиняюсь за то, что я слеп к этой мелочи... Я должен был переименовать свои row.names в своих данных

row.names(diet)<-diet$ScientificName
person Taw    schedule 20.07.2017