Как удалить коррелированные переменные из GLM в R

Я пытаюсь исключить коррелированные переменные из GLModel. Во-первых, я вычисляю матрицу корреляции. Впоследствии я хотел бы каким-то образом реализовать его в функции combn, чтобы исключить коррелирующие переменные (заголовки столбцов). На данный момент я терплю неудачу - я не могу включить его в функцию combn, чтобы она работала и коррелированные переменные были исключены.

Вот ссылка на данные, которые я использую: https://drive.google.com/open?id=0B5IgiR_svnKcZkxHeTJXTm9jUjQ

Вот код, который я пытаюсь заставить его работать:

## rm(list = ls())  ## Edited out to prevent accidents

mod_data <- read.csv("mod_data.csv", header = T)

mod_headers <- names(mod_data[3:ncol(mod_data)-1])

CM = which(abs(cor(mod_data[,1:ncol(mod_data)-1])-diag(1,ncol(mod_data)-1)) > 0.5, arr.ind = T)

f <- function(){

  null_model <- glm(newcol ~ 1, data=mod_data, family = binomial(link = "logit"), control = list(maxit = 50))
  best_model <- null_model
  best_aic <- AIC(null_model)

  for(i in 1:length(mod_headers)){
    tab <- combn(mod_headers,i)
    for(j in 1:ncol(tab)){
      tab_new <- c(tab[,j])
      mod_tab_new <- c(tab_new, "newcol")
      model <- glm(newcol ~., data=mod_data[c(mod_tab_new)], family = binomial(link = "logit"), control = list(maxit = 50000))
      if(AIC(model) < best_aic){
        best_model <- model
        best_aic <- AIC(model)
      }
    }
  }
  return(best_model)
}

f()

Спасибо за ваши советы!


person New2coding    schedule 02.08.2017    source источник
comment
Пожалуйста, не публикуйте код типа rm(list = ls()), если только это не имеет решающего значения для вашего примера. Никто не хочет случайно скопировать/вставить ваш пример и запустить эту строку.   -  person Gregor Thomas    schedule 02.08.2017
comment
Вы можете посмотреть на функцию findCorrelation в пакете caret. Документация для справки: topepo.github.io/caret/pre-processing.html# корр   -  person jmuhlenkamp    schedule 09.12.2017