Нанесение hclust только на срезанные грозди, а не на каждый лист

У меня есть дерево hclust с почти 2000 образцами. Я обрезал его до соответствующего количества кластеров и хотел бы построить дендрограмму, но заканчивающуюся на высоте, на которой я разрезал кластеры, а не до каждого отдельного листа. Каждое руководство по черчению посвящено раскрашиванию всех листьев кластером или рисованию прямоугольника, но, кажется, ничто не оставляет листья ниже линии разреза полностью.

Моя полная дендрограмма выглядит следующим образом:

Полная дендрограмма

Я хотел бы нарисовать его так, как будто он останавливается там, где я нарисовал здесь аблайн (например):

введите здесь описание изображения


person C. Denney    schedule 02.08.2017    source источник
comment
@Dave2eDave2e Я уже использовал функцию cutree, чтобы разрезать на нужные мне кластеры, но, насколько я могу судить, нет никакого способа построить то место, куда я его обрезал.   -  person C. Denney    schedule 03.08.2017


Ответы (1)


Это должно помочь вам начать. Я предлагаю прочитать страницу справки для «дендрограммы»

Вот пример со страницы справки:

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend1 <- as.dendrogram(hc)
plot(dend1)
dend2 <- cut(dend1, h = 100)
plot(dend2$upper)
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1))

Выполнив разрез на объекте дендрограммы (а не на объекте hclust), вы можете построить верхнюю часть дендрограммы. Потребуется некоторая работа, чтобы заменить метки branch1, 2, 3 и 4 в зависимости от вашего анализа.

Удачи.

person Dave2e    schedule 03.08.2017
comment
Спасибо, это привело меня к большей части пути, теперь мне просто нужно выяснить, почему мои метки веток смещены! -edit- Разобрался, мне нужен был центральный параметр на странице дендрограммы. Спасибо. - person C. Denney; 03.08.2017