Индикатор выполнения и отображение (ввод в виде списка)

Я хотел бы следить за ходом моей функции mapply. Данные состоят из 2-х списков и есть функция с 2-мя аргументами.

Если я сделаю что-то подобное с функцией, которая принимает 1 аргумент, я могу использовать ldply вместо lapply. (Я хотел бы rbind.fill вывод в data.frame)

Если я хочу сделать то же самое с mdply, это не сработает, поскольку функция в mdply требует значений, взятых из столбцов фрейма данных или массива. Mapply принимает списки в качестве входных данных.

Эти функции plyr apply удобны не только потому, что я могу получить результат в виде data.frame, но и потому, что могу использовать индикатор выполнения.

Я знаю, что есть пакет pbapply, но нет версии mapply и есть функция txtProgressBar, но я не мог понять, как использовать это с mapply.

Я попытался создать воспроизводимый пример (запуск занимает около 30 секунд)

Думаю, плохой пример. Мой l1 - это список очищенных веб-сайтов (rvest :: read_html), которые я не могу отправить в качестве фрейма данных в mdply. Списки действительно должны быть списками.

mdply <- plyr::mdply

l1 <- as.list(rep("a", 2*10^6+1))
l2 <- as.list(rnorm(-10^6:10^6))

my_func <- function(x, y) {

ab <- paste(x, "b", sep = "_")
ab2 <- paste0(ab, exp(y), sep = "__")

return(ab2)

}

mapply(my_func, x = l1, y = l2)

mdply не работает

mdply(l1, l2, my_func, .progress='text')

Error in do.call(flat, c(args, list(...))) : 'what' must be a function or character string

r progress-bar plyr mapply
person Roccer    schedule 14.08.2017    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Из ?mdply, осмелюсь сказать, вы не можете указать два ввода данных. Ваше сообщение об ошибке означает, что mdply пытается использовать l2 как функцию, но список не может быть преобразован в функцию ...

Следующее работает нормально

mdply(
    data.frame(x=unlist(l1), y=unlist(l2)), # create a data.frame from l1 and l2
    my_func, # your function
    .progress=plyr::progress_text(style = 3) # create a textual progress bar
)[, 3] # keep the output only

Думаю, теперь я понял вашу цель:

mdply(
    .data=data.frame(r=1:length(l1)), # "fake data" (I will use them as item index)
    .fun=function(r) return(my_func(l1[[r]], l2[[r]])), # a wrapper function of your function
    .progress=plyr::progress_text(style = 3) # create a textual progress bar
)[, 2] # keep the output only

Обратите внимание, мне пришлось заключить вашу функцию в новую, которая учитывает только один аргумент и использует этот аргумент для доступа к l1 и l2

person Bruno Zamengo    schedule 14.08.2017
comment
Спасибо. Проблема в том, что l1 на самом деле представляет собой список веб-страниц, которые я скопировал с помощью rvest :: read_html. Этот список я не могу использовать в качестве столбца в data.frame. Думаю, пример был неудачным. - person Roccer; 14.08.2017
comment
Спасибо за вашу помощь. Функция работает, но результат не тот, что я хочу / получаю от mapply. Я приму ваш ответ позже, когда вы решите на своем примере. - person Roccer; 14.08.2017

arrow_upward
0
arrow_downward

Отвечая на свой вопрос. Теперь есть пакет, который может это сделать. Он называется pbapply. Я искал функцию pbmapply.

person Roccer    schedule 17.07.2019