У меня есть следующий сценарий под названием Making_list_313_SNPs_from_csv.R. Вкратце, этот сценарий принимает файл .csv и выполняет некоторые быстрые преобразования для создания файла .txt.
.Csv имеет 8 столбцов, а интересующий меня столбец имеет такие имена, как: 1_11100_A_T.
Мой сценарий R выглядит так:
library(tidyr)
setwd("/Users/m/folder/List_313/")
list = read.csv("file.csv")
list = as.data.frame(list[,2])
colnames(list) = c("SNP")
new_list = separate(data = list, col = SNP, into = c("part1", "part2", "part3", "part4"), sep = "_")
new_list = new_list[,c(1,2)]
write.table(new_list,"list_313_to_find.txt",quote=F,row.names = F, col.names = F)
Я хотел запустить этот скрипт с моего терминала Mac вот так:
Rscript making_list_313_SNPs_from_csv.R
Это работает, и я получаю выходной файл, который выглядит так, как я хочу. Однако я получаю следующий результат:
Warning message:
package ‘tidyr’ was built under R version 3.2.5
Warning message:
In .doLoadActions(where, attach) :
trying to execute load actions without 'methods' package
Первое предупреждение - это просто предупреждение о версии пакета R. Однако я понятия не имею, что означает второе предупреждение. Любая помощь будет оценена по достоинству.
