Возможно ли в пакете ggbiplot в R пометить некоторые специальные точки данных, такие как точка данных с Alcohol = 13.2 другим цветом, чем в кластерах. Я хочу выделить некоторые конкретные точки данных.
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class,
ellipse = TRUE, circle = TRUE))
Да, поскольку ggbiplot является действительным объектом ggplot2, вы можете добавить к нему geom так же, как и к другим ggplot.
cond <- wine.pca$x[which(wine$Alcohol == 13.2),]
cond[1:2]
Возвращает:
PC1 PC2
-2.2032498 -0.3324551
Вот код. Обратите внимание, что мы используем geom_point и указываем на PC1 и PC2 соответственно для осей x и y, где wine$Alcohol==13.2:
library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE) +
geom_point(aes(x=cond[1], y=cond[2]), col="goldenrod2", size=3)
Я не уверен, что это можно сделать внутри вызова ggbiplot, но это определенно возможно, добавив еще один слой. Вот пример:
library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
p <- ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class,
ellipse = TRUE, circle = TRUE)
теперь подставьте точки, которые вы хотели бы выделить:
wine.pca$x[wine$Alcohol == 13.2, 1:2, drop = FALSE] #drop = FALSE to keep matrix class
и укажите это как data до geom_point:
p + geom_point(data = wine.pca$x[wine$Alcohol == 13.2, 1:2, drop = FALSE],
aes(x = PC1, y = PC2), color = "black")
вы также можете сделать что-то вроде этого:
p + geom_point(data = wine.pca$x[wine$Alcohol == 13.2, 1:2, drop = FALSE],
aes(x = PC1, y = PC2), color = "black", shape = 21, size = 7)
однако это может быть слишком много, если вы хотите выделить много моментов:
p + geom_point(data = wine.pca$x[wine$Alcohol >= 13.2, 1:2],
aes(x = PC1, y = PC2), color = "black", shape = 21, size = 7)
