Измените цвет края, цвет шрифта и цвет отметки на сетевом графике гаплотипов в R

Используя руководство по:

Как строить круговые диаграммы в сетях гаплотипов haploNet {pegas}

Я смог построить график гаплотипов для своих данных. Вот мой код:

library(ape)
library(plyr)
library(pegas)

## example.DNAbin is the DNAbin class object with the alignments 
d <- example.DNAbin
e <- dist.dna(d)
h <- pegas::haplotype(d)
h <- sort(h, what = "label")
(net <- pegas::haploNet(h))

ind.hap<-with(
  stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))),
  table(hap=ind, pop=rownames(d)[values])
)

col.vec <- adjustcolor(rainbow(ncol(ind.hap)), alpha=0.4)

par(bg="white")
par(mar=c(1,1,1,1))

plot(net, size=attr(net, "freq"), 
     scale.ratio=3.00, pie=ind.hap, bg=col.vec, fg="white")
title(main = "Haplotype Network Plot\n of Project AGBOU",
    line = -2.5, col.main= "black", cex.main=2)

Это сюжет, который я получил:

введите здесь описание изображения

Я хотел бы внести следующие изменения:

  1. Изменить цвет краев (важно)
  2. Изменить цвет галочек (важно)
  3. Изменить цвет текста внутри кругов (не очень важно)

Я хотел бы изображение, подобное приведенному ниже:

введите здесь описание изображения

Мне не удалось определить параметры, необходимые для команды построения графика, или правильную комбинацию функций для достижения этой цели.

Я надеюсь, что кто-то здесь может помочь. Спасибо.


person NM_    schedule 01.07.2018    source источник
comment
Проблема частично решена. Я могу изменить некоторые цвета краев, используя параметры col.links в функции построения графика. то есть сюжет (сеть, col.link = красный,...)   -  person NM_    schedule 01.07.2018