Почему текст появляется в легенде?

a символизирует текст, добавленный geom_label_repel(), и соответствует шрифту, цвету и т. д. ваших ярлыков.

На картинке ниже показан один из демонстрационных примеров пакета ggrepel, показанный в виньетке с примерами пакетов:

Вы можете увидеть то же самое, но с другими параметрами, переданными в качестве аргументов для geom_label_repel().

Если вы действительно хотите удалить букву «а» из легенды, вы можете переопределить ключ легенды, как показано здесь:

# save original legend key for later
oldK <- GeomLabelRepel$draw_key

# define new key without the text label
library(grid)
GeomLabelRepel$draw_key <- function (data, params, size) { draw_key_rect(data) }

# plot
ggplot(df, aes(wt, mpg))+ geom_point(col = "red") + 
  geom_label_repel(aes(label = rownames(df), fill = factor(cyl)), size = 5,
                  fontface = 3)

# reset key
GeomLabelRepel$draw_key <- oldK