Проблема OpenBLAS с функцией ComBat () пакета R Bioconductor SVA в кластере Torque

У меня проблема с функцией ComBat () из пакет Bioconductor SVA в R.

На моем ноутбуке (Latitude 5590 с операционной системой Linux Ubuntu 18) он работает хорошо. Но если я запустил его на кластере TORQUE, вызов функции ComBat () сгенерирует бесконечный цикл ожидания:

"ComBat ()" Найдено 25 пакетов

Примечание: в одной партии есть только одна проба, для параметра mean.only = TRUE

Регулировка ковариант (ов) или ковариантного уровня (ов)

Стандартизация данных по генам

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 текущий, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 текущий, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 текущий, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 текущий, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 текущий, 903725 макс.

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: ресурс временно недоступен

Вы знаете, как я могу это исправить?

Я проверил онлайн, и у некоторых людей уже был эта проблема, связанная с Python. Для меня это звучит странно: если это проблема Python, почему она появляется в R?

Спасибо


r openblas bioconductor
person DavideChicco.it    schedule 08.02.2019    source источник
comment
Трудно указать вам команды / изменения в моем сценарии, чтобы избежать этой ошибки и без проблем выполнять мое программное обеспечение без вашего сценария.   -  person duckmayr    schedule 11.02.2019
comment
@duckmayr Вы можете найти мой сценарий здесь: github.com/davidechicco/heart-failure -gene-expression-analysis   -  person DavideChicco.it    schedule 11.02.2019
comment
Похоже, в бою запрашивается использование максимального количества потоков на вашем компьютере (нормально на вашем ноутбуке, но не в кластере), поскольку я уверен, что у вас нет разрешения на использование всех потоков в вашем кластере, поэтому он ожидает получения разрешения, но Вы никогда этого не получите. Я бы хотел добавить строку для борьбы с количеством потоков (к которым вы можете получить доступ как пользователь в сеансе). Это несколько раз решало мою проблему, когда я переносил код с простой машины в кластер. Если нет, вам придется поговорить с администратором кластера Torque.   -  person kana    schedule 13.02.2019
comment
Привет @csugai, спасибо за комментарий. Это возможно, но я не знаю, как контролировать количество потоков в скрипте. Это странный аспект: мой скрипт написан на R, а не на Python, и я не вижу опции для OpenBlas (). Не могли бы вы проверить мой код и сказать, что бы вы изменили? github.com/davidechicco/heart-failure- анализ-экспрессии-генов / Вызов ComBat () находится в строке # 433. Спасибо!   -  person DavideChicco.it    schedule 13.02.2019

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Мой коллега (за пределами StackOverflow) помог мне и нашел решение.

Мне нужно было вставить эту команду в мой сценарий R:

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

Вот и все.

person DavideChicco.it    schedule 13.02.2019