Подмножество ExpressionSet

У меня есть объект ExpressionSet, который я хочу разделить. Например,

> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

Я хочу извлечь подмножество, где STATUS==0. Я пытался:

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

Но это не работает.


r expression bioconductor
person stefan    schedule 08.04.2011    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Вы почти там. Угадывая вашу структуру данных, я думаю, что должно работать следующее:

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

Если вы посмотрите на этот документ, вы увидите множество примеров суб- установка данных в зависимости от деформации и времени. Должен признаться, что я автор этой статьи.

person csgillespie    schedule 08.04.2011
comment
@Joris: меня всегда немного смущает самореклама - в конце концов, я британец, - но когда я проанализировал свой первый набор данных микрочипов, мне захотелось посмотреть на аналогичную статью. - person csgillespie; 08.04.2011
comment
Используйте 1_; см. целевую страницу Biobase и раздел Введение в Biobase и ExpressionSet ExpressionSet основы, в дополнение к ?ExpressionSet. - person Martin Morgan; 08.04.2011
comment
@csgillespie: не могли бы вы обновить ссылку, старая кажется мертвой - person discipulus; 27.02.2016