Я использую packrat, чтобы заморозить все версии зависимостей для приложения. Иногда я сталкиваюсь с неприятностями с «залежанием».
Например, сегодня я обновил один пакет до более новой версии. Я сделал это, запустив R в управляемом packrat проекте:
% R --quiet
Packrat mode on. Using library in directory:
- "~/git/myapp/app/packrat/lib"
> install.packages('MyPackage')
Installing package into ‘/Users/kwilliams/git/myapp/app/packrat/lib/x86_64-apple-darwin17.7.0/3.5.3’
(as ‘lib’ is unspecified)
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 3537k 100 3537k 0 0 5530k 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 5527k
* installing *source* package ‘MyPackage’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (MyPackage)
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/zp/hj5hqfw970z0_78mrb_802lm0001z9/T/RtmpzfYDUz/downloaded_packages’
Однако, когда я пытаюсь создать новый файл моментального снимка, ничего не происходит:
> packrat::snapshot()
Snapshot written to '/Users/kwilliams/git/myapp/app/packrat/packrat.lock'
(Файл ничем не отличается от предыдущего — старая версия MyPackage по-прежнему указана.)
Я убедился, что новая версия действительно установлена, и повторил попытку:
> packageVersion('MyPackage')
[1] ‘7.4’
> packrat::snapshot()
The following packages are stale:
_
MyPackage 7.4
These packages must be updated by calling packrat::restore() before
snapshotting. If you are sure you want the installed versions of these
packages to be snapshotted, call packrat::snapshot() again with
ignore.stale=TRUE.
--
Snapshot operation was cancelled, no changes were made.
Хм? Не уверен, почему разные результаты между двумя временами.
status(), кажется, правильно понимает ситуацию:
> packrat::status()
The following packages are out of sync between packrat and your current library:
packrat library
MyPackage 7.3.1-22287 7.4
Use packrat::snapshot() to set packrat to use the current library, or use
packrat::restore() to reset the library to the last snapshot.
Я полагаю, что заставлю, поэтому добавляю ignore.stale=TRUE:
> packrat::snapshot(ignore.stale=TRUE)
Upgrading these packages already present in packrat:
from to
MyPackage 7.3.1-22287 7.4
Fetching sources for MyPackage (7.4) ... FAILED
Error in snapshotSources(project, activeRepos(project), allRecordsFlat) :
Errors occurred when fetching source files:
Error in getSourceForPkgRecord(pkgRecord, sourceDir, availablePkgs, repos) :
Could not find sources for MyPackage (7.4).
облом. Может ли это быть как-то связано с тем, что это локально созданный пакет, установленный из локального CRAN-подобного? Это может быть ошибкой packrat, потому что (как отмечалось выше) install.packages() может без проблем найти исходный пакет.
Итак, я думаю, что здесь есть две потенциальные ошибки packrat:
- Невозможно сделать снимок только что установленного пакета
- Невозможно загрузить исходный код пакета
FWIW, я думаю, что первая проблема идентична ситуации здесь: https://groups.google.com/forum/#!topic/packrat-discuss/HvD45u6w4Zg, в котором Кевин Уши (автор/сопровождающий packrat) говорит: «Возможно, что логика «устаревших» пакетов может просто прочь."
