Я ищу способ в R преобразовать филогенетическое дерево (формат Ньюика или класс «phylo») в фреймворк. Цель состоит в том, чтобы получить хорошее представление о том, какие подсказки спускаются с каждого узла дерева. Есть ли у кого-нибудь опыт работы с этой проблемой?
Я могу получить все метки наконечников из филогенетического дерева или все узлы-потомки из узла, но мне не удается получить метки наконечников, которые принадлежат определенному узлу.
#for a random tree x
x <- rtree(10, tip.label = LETTERS[1:10])
#get all tip labels by asking for tree information
> x
Phylogenetic tree with 10 tips and 9 internal nodes.
Tip labels:
H, G, D, B, I, C, ...
Rooted; includes branch lengths.
#descendant nodes from a node
test <- phytools::getDescendants(x, node=5, curr=NULL)
#the package ggphylo seemed to have the answer to my problem, but it is no longer supported (last updates were in 2012)
ggphylo::tree.as.data.frame(x)
(Я думаю, что преобразование в фрейм данных - самый простой способ, но если вы знаете другой подход для получения подсказок потомков от узла, я открыт для всех возможных решений)
