Преобразуйте таблицу попарных расстояний в список расстояний для людей всего в двух столбцах

Другая идея - заменить второе пространство другим разделителем и разделить его, т.е.

library(dplyr)
library(tidyr)

pairwise %>% 
 mutate(ind_comp = gsub('([^ ]+ [^ ]+) ', '\\1|', ind_comp)) %>% 
 separate_rows(ind_comp, sep = '[|]')

который дает,

          ind_comp     dist
1   OP2645ii_d gr3 7.590363
2   OP5048___g gr2 7.590363
3   OP5046___e gr5 6.449676
4   OP5048___g gr2 6.449676
5   OP2413iiia gr1 6.419955
6   OP5048___g gr2 6.419955
7   OP5043___b gr1 6.349918
8   OP5048___g gr2 6.349918
9  OP3088i___a gr1 6.182623
10  OP5048___g gr2 6.182623
11  OP5046___a gr5 6.162655
12  OP5048___g gr2 6.162655
13  OP5048___b gr5 6.154232
14  OP5048___g gr2 6.154232
15  OP5043___a gr3 6.140147
16  OP5048___g gr2 6.140147
17  OP2645ii_d gr3 6.058633
18  OP5048___g gr2 6.058633
19  OP2645ii_d gr3 5.962923
20  OP5044___c gr2 5.962923
21  OP2413iiib gr4 5.943956
22  OP5048___g gr2 5.943956
23  OP5046___c gr1 5.863753
24  OP5048___g gr2 5.863753

Мы можем использовать dplyr и tidyr. Сначала separate ind_comp в 4 разных столбца на основе пробелов, gather в длинный формат, удалите цифры из key столбца, чтобы они имели одинаковое имя, создав общий идентификатор с использованием row_number(), а затем spread в широком формате.

library(dplyr)
library(tidyr)

pairwise %>%
  separate(ind_comp, c("ind_comp1", "gr1", "ind_comp2", "gr2"), sep = "\\s+") %>%
  gather(key, value, -dist) %>%
  mutate(key = sub("\\d+", "", key)) %>%
  group_by(key) %>%
  mutate(row = row_number()) %>%
  spread(key, value) %>%
  dplyr::select(-row)


# A tibble: 24 x 3
#    dist gr    ind_comp  
#   <dbl> <chr> <chr>     
# 1  5.86 gr1   OP5046___c
# 2  5.86 gr2   OP5048___g
# 3  5.94 gr4   OP2413iiib
# 4  5.94 gr2   OP5048___g
# 5  5.96 gr3   OP2645ii_d
# 6  5.96 gr2   OP5044___c
# 7  6.06 gr3   OP2645ii_d
# 8  6.06 gr2   OP5048___g
# 9  6.14 gr3   OP5043___a
#10  6.14 gr2   OP5048___g
# … with 14 more rows

Вот базовое решение R.
Разделите фрейм данных pairwise_readout на два по столбцам, а затем rbind их. Есть промежуточные шаги, чтобы убедиться, что имена столбцов совпадают, и упорядочить результат.

tmp1 <- pairwise_readout[c(1, 2, 5)]
tmp2 <- pairwise_readout[c(3, 4, 5)]
names(tmp1) <- names(tmp2) <- c("ind_comp", "gr", "dist")
tmp1$id <- tmp2$id <- seq_len(nrow(tmp1))
tmp <- rbind(tmp1,tmp2)
result <- tmp[order(tmp$id), -4]

Заключительная уборка.

rm(tmp, tmp1, tmp2)

Я опаздываю, но это было бы моим решением:

library("stringr") #For str_split

pairwise <- data.frame(ind_comp = c("OP2645ii_d gr3 OP5048___g gr2","OP5046___e gr5 OP5048___g gr2","OP2413iiia gr1 OP5048___g gr2","OP5043___b gr1 OP5048___g gr2", "OP3088i___a gr1 OP5048___g gr2","OP5046___a gr5 OP5048___g gr2", "OP5048___b gr5 OP5048___g gr2", "OP5043___a gr3 OP5048___g gr2", "OP2645ii_d gr3 OP5048___g gr2", "OP2645ii_d gr3 OP5044___c gr2", "OP2413iiib gr4 OP5048___g gr2", "OP5046___c gr1 OP5048___g gr2"), dist = c(7.590363,6.449676,6.419955,6.349918,6.182623,6.162655,6.154232,6.140147,6.058633,5.962923,5.943956,5.863753))
pairwise$ind_comp <- as.character(pairwise$ind_comp)

pairwise$ind_comp2 <- sapply(str_split(pairwise$ind_comp, "(?<=\\s[a-z]{2}[0-9]{1})\\s"), "[", 2) #Splitting to create second column
pairwise$ind_comp <- sapply(str_split(pairwise$ind_comp, "(?<=\\s[a-z]{2}[0-9]{1})\\s"), "[", 1) #And first column

tmp_pairwise <- data.frame(ind_comp = pairwise$ind_comp2, dist = as.numeric(pairwise$dist)) #Copying second columna and corresponding distances to temporary object

pairwise <- pairwise[, -3] #Removing second column from original data frame

pairwise <- rbind(pairwise, tmp_pairwise) #Binding original data frame and the temporary data frame by rows

rm(tmp_pairwise) #Removing temporary data frame

pairwise$gr <- sapply(str_split(pairwise$ind_comp, "(?<=\\s)"), "[", 2) #Creating group column
pairwise$ind_comp <- sapply(str_split(pairwise$ind_comp, "(?<=\\s)"), "[", 1) #Fixing first column to remove group information
head(pairwise)
      ind_comp     dist  gr
1  OP2645ii_d  7.590363 gr3
2  OP5046___e  6.449676 gr5
3  OP2413iiia  6.419955 gr1
4  OP5043___b  6.349918 gr1
5 OP3088i___a  6.182623 gr1
6  OP5046___a  6.162655 gr5