Пожалуйста, обратите внимание на следующее:
С помощью пакета survminer мы можем рисовать график «лог-лог» для объектов выживания, созданных с помощью пакета survival. Это было представлено некоторое время назад разработчиком пакета @kassambara здесь.
До недавнего времени все работало нормально, но с обновлением до более новой версии R и RStudio я получаю предупреждающее сообщение и пустой график.
require("survival")
#> Loading required package: survival
require("survminer")
#> Loading required package: survminer
#> Loading required package: ggplot2
#> Loading required package: ggpubr
#> Loading required package: magrittr
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, fun = "cloglog")
#> Warning: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis
#> Warning: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis
print(sessionInfo(), locale = FALSE)
#> R version 3.6.1 (2019-07-05)
#> Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
#> Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
#>
#> Matrix products: default
#>
#> attached base packages:
#> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] survminer_0.4.6 ggpubr_0.2.3 magrittr_1.5 ggplot2_3.2.1
#> [5] survival_2.44-1.1
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.4.2 compiler_3.6.1
#> [4] highr_0.8 tools_3.6.1 digest_0.6.20
#> [7] nlme_3.1-140 evaluate_0.14 tibble_2.1.3
#> [10] gtable_0.3.0 lattice_0.20-38 pkgconfig_2.0.2
#> [13] rlang_0.4.0 Matrix_1.2-17 yaml_2.2.0
#> [16] xfun_0.8 gridExtra_2.3 withr_2.1.2
#> [19] stringr_1.4.0 dplyr_0.8.3 knitr_1.23
#> [22] survMisc_0.5.5 generics_0.0.2 grid_3.6.1
#> [25] tidyselect_0.2.5 data.table_1.12.2 glue_1.3.1
#> [28] KMsurv_0.1-5 R6_2.4.0 km.ci_0.5-2
#> [31] rmarkdown_1.15 tidyr_0.8.3 purrr_0.3.2
#> [34] backports_1.1.4 scales_1.0.0 htmltools_0.3.6
#> [37] splines_3.6.1 assertthat_0.2.1 xtable_1.8-4
#> [40] colorspace_1.4-1 ggsignif_0.6.0 labeling_0.3
#> [43] stringi_1.4.3 lazyeval_0.2.2 munsell_0.5.0
#> [46] broom_0.5.2 crayon_1.3.4 zoo_1.8-6
Создано 04 сентября 2019 г. с помощью пакета reprex (v0.3.0)
Моя версия RStudio 1.2.1335.
Я отметил это разработчиком пакета здесь, но он, похоже, не иметь возможность воспроизвести ту же ошибку (см. здесь).
Для меня ошибка возникает как в Windows, так и в Mac. Тем временем я обновил все пакеты в обеих системах с помощью update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE), но безуспешно. Как ни странно, мой коллега, работающий с более старой версией R и RStudio, может рисовать сюжет так же хорошо, как и разработчик пакета.
Что я делаю неправильно и что я могу сделать?
Спасибо!
Обновление
Выполнив откат нескольких версий R и пакетов, я нашел одну комбинацию версий (R и пакетов), которая работает. Я не совсем понимаю, как это может быть, но кажется, что есть взаимодействие одного или нескольких пакетов с версией R, которая не работает должным образом. Я прикрепляю информацию о сеансе рабочей комбинации здесь и оставляю ее для дальнейшего изучения мастерами (если есть интерес).
require("survival")
#> Loading required package: survival
require("survminer")
#> Loading required package: survminer
#> Warning: package 'survminer' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: ggplot2
#> Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: ggpubr
#> Warning: package 'ggpubr' was built under R version 3.5.3
#> Loading required package: magrittr
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, fun = "cloglog")
print(sessionInfo(), locale = FALSE)
#> R version 3.5.1 (2018-07-02)
#> Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
#> Running under: macOS 10.14.6
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
#> LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
#>
#> attached base packages:
#> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] survminer_0.4.2 ggpubr_0.2.3 magrittr_1.5 ggplot2_3.1.1
#> [5] survival_2.42-3
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] Rcpp_1.0.2 compiler_3.5.1 pillar_1.4.2
#> [4] plyr_1.8.4 highr_0.8 tools_3.5.1
#> [7] digest_0.6.20 nlme_3.1-137 evaluate_0.14
#> [10] tibble_2.1.3 gtable_0.3.0 lattice_0.20-35
#> [13] pkgconfig_2.0.2 rlang_0.4.0 Matrix_1.2-14
#> [16] cmprsk_2.2-7.1 yaml_2.2.0 xfun_0.9
#> [19] gridExtra_2.3 withr_2.1.2 stringr_1.4.0
#> [22] dplyr_0.8.3 knitr_1.24 survMisc_0.5.5
#> [25] generics_0.0.2 grid_3.5.1 tidyselect_0.2.5
#> [28] data.table_1.12.2 glue_1.3.1 KMsurv_0.1-5
#> [31] R6_2.4.0 km.ci_0.5-2 rmarkdown_1.15
#> [34] tidyr_0.8.3 purrr_0.3.2 backports_1.1.4
#> [37] scales_1.0.0 htmltools_0.3.6 splines_3.5.1
#> [40] assertthat_0.2.1 xtable_1.8-4 colorspace_1.4-1
#> [43] ggsignif_0.6.0 labeling_0.3 stringi_1.4.3
#> [46] lazyeval_0.2.2 munsell_0.5.0 broom_0.5.2
#> [49] crayon_1.3.4 zoo_1.8-6
Создано 05 сентября 2019 г. с помощью пакета reprex (v0.3.0)
Возможный обходной путь
Ответ @Robbe — возможный обходной путь! Я не решаюсь отметить это как правильный ответ, хотя. Любые советы по этому поводу тоже приветствуются.
