как использовать geom_segments для джиттера

Поскольку никаких примеров данных не было опубликовано, я использую фиктивные данные, чтобы проиллюстрировать некоторые вещи. Давайте настроим это:

df <- data.frame(x = c(1,1,1,2,2),
                 xend = c(2,2,2,3,3),
                 y = c(1,1,1,2,2),
                 yend = c(1,1,1,2,2))

И если мы построим это аналогично тому, что вы опубликовали, мы получим следующий график, на котором точки накладываются друг на друга в 2-3 раза:

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x, y), colour = "red") +
  geom_point(aes(xend, yend), colour = "dodgerblue") +
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend))

Теперь, возможно, будет полезно узнать, что geom_jitter() - это сокращение от geom_point(position = "jitter"). Как и в большинстве позиций, вы можете указать position_jitter() аргументов того, как должно возникать дрожание. Например, мы можем захотеть дрожать только в направлении y:

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x, y), colour = "red", 
             position = position_jitter(height = 0.1, width = 0)) +
  geom_point(aes(xend, yend), colour = "dodgerblue",
             position = position_jitter(height = 0.1, width = 0)) +
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend),
               position = position_jitter(height = 0.1, width = 0))

Как видите, это выглядит ужасно, поскольку каждая точка дрожит независимо от любой другой точки. Мы можем приблизиться к тому, что хотим, установив начальное значение для джиттера:

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x, y), colour = "red", 
             position = position_jitter(height = 0.1, width = 0, seed = 1)) +
  geom_point(aes(xend, yend), colour = "dodgerblue",
             position = position_jitter(height = 0.1, width = 0, seed = 1)) +
  geom_segment(aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend),
               position = position_jitter(height = 0.1, width = 0, seed = 1))

Теперь это обрабатывает левые точки, как ожидалось (поскольку начальное число должно выполнять случайный процесс одинаково для каждой точки), но портит правые точки. Это происходит потому, что они колеблются одновременно с левыми точками как последующие числа, а не параллельно левым точкам.

Единственное разумное решение, по-видимому, - это предварительно рассчитать джиттер и использовать его так, чтобы он был одинаковым для каждой точки:

set.seed(0)
df$jit <- runif(nrow(df), -0.05, 0.05)

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x, y + jit), colour = "red") +
  geom_point(aes(xend, yend + jit), colour = "dodgerblue") +
  geom_segment(aes(x = x, y = y + jit, xend = xend, yend = yend + jit))