Доверительные интервалы для переменных из топ-модели функции земснаряда (lmer)

Я использую модели lmer, чтобы изучить влияние переменных-предикторов окружающей среды на переменную ландшафта. Для этого я использую функцию dredge для создания набора кандидатов в модель всех возможных комбинаций переменных-предикторов.

m3 <- lmer(div~scale(log(travel.time))+scale(spinsandplain)+scale(ThreeYearRain)+scale(claylake)+scale(ThreeYearRain)*scale(log(travel.time))+(1|circleID),na.action=na.fail,
          data=data, REML=FALSE)
s <-dredge(m3, extra = list("R^2"))
s

summary(get.models(s, 1)[[1]])

Теперь я хочу извлечь доверительные интервалы каждой переменной из каждой из лучших моделей. Я не могу найти никакого кода, кроме усреднения модели. У тебя есть код? Это невозможно?

Заранее спасибо, Линн


r confidence-interval lme4 mumin
person Leanne Greenwild    schedule 03.12.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

get.models() возвращает list объектов модели того же класса, что и ваш global.model, поэтому используйте, например, confint или любую соответствующую функцию для каждого элемента через lapply, sapply или for цикл.

Например: lapply(get.models(s, 1:10), confint)

Воспроизводимый пример:

library(glmmTMB)
library(MuMIn)

# from example(glmmTMB)
m2 <- glmmTMB(count ~ spp + mined + (1|site), family=nbinom2, data=Salamanders))
models <- get.models(dredge(m2), TRUE)

# list of CI for each model's parameters:
lapply(models, confint)
person Kamil Bartoń    schedule 04.12.2019
comment
@LeanneGreenwild Было бы полезно получить некоторые подробности, объясняющие, как, похоже, не работает. Я добавил к своему ответу воспроизводимый пример. - person Kamil Bartoń; 24.03.2021