R - переформатировать значение P в ggplot, используя stat_compare_means

Я хочу нанести значения p для каждой панели на фасетной диаграмме ggplot. Если значение p больше 0,05, я хочу отображать значение p как есть. Если значение p меньше 0,05, я хочу отобразить значение в экспоненциальном представлении (например, 0,0032 -> 3.20e-3; 0,0000425 -> 4,25e-5).

Код, который я написал для этого:

   p1 <- ggplot(data = CD3, aes(location, value, color = factor(location),
                             fill = factor(location))) + 
  theme_bw(base_rect_size = 1) +
  geom_boxplot(alpha = 0.3, size = 1.5, show.legend = FALSE) +
  geom_jitter(width = 0.2, size = 2, show.legend = FALSE) +
  scale_color_manual(values=c("#4cdee6", "#e47267", "#13ec87")) +
  scale_fill_manual(values=c("#4cdee6", "#e47267", "#13ec87")) +
  ylab(expression(paste("Density of clusters, ", mm^{-2}))) +
  xlab(NULL) +
  stat_compare_means(comparisons = list(c("CT", 'N'), c("IF","N")), 
                     aes(label = ifelse(..p.format.. < 0.05, formatC(..p.format.., format = "e", digits = 2),
                                        ..p.format..)), 
                     method = 'wilcox.test', show.legend = FALSE, size = 10) +
  #ylab(expression(paste('Density, /', mm^2, )))+
  theme(axis.text = element_text(size = 10), 
        axis.title = element_text(size = 20), 
        legend.text = element_text(size = 38), 
        legend.title = element_text(size = 40), 
        strip.background = element_rect(colour="black", fill="white", size = 2),
        strip.text = element_text(margin = margin(10, 10, 10, 10), size = 40),
        panel.grid = element_line(size = 1.5))
plot(p1)

Этот код работает без ошибок, однако формат чисел не меняется. Что я делаю неправильно? Я приложил данные для воспроизведения сюжета: скачать данные здесь

ИЗМЕНИТЬ

structure(list(value = c(0.931966449207829, 3.24210526315789, 
3.88811650210901, 0.626860993574675, 4.62085308056872, 0.477508650519031, 
0.111900110501359, 3.2495164410058, 4.06626506024096, 0.21684918139434, 
1.10365086026018, 4.66666666666667, 0.174109967855698, 0.597625869832174, 
2.3758865248227, 0.360751947840548, 1.00441501103753, 3.65168539325843
), Criteria = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Density", "Density of cluster", 
"nodular count", "Elongated count"), class = "factor"), Case = structure(c(1L, 
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 
6L), .Label = c("Case 1A", "Case 1B", "Case 2", "Case 3", "Case 4", 
"Case 5"), class = "factor"), Mark = structure(c(1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("CD3", 
"CD4", "CD8", "CD20", "FoxP3"), class = "factor"), location = structure(c(3L, 
1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 
2L), .Label = c("CT", "IF", "N"), class = "factor")), row.names = c(91L, 
92L, 93L, 106L, 107L, 108L, 121L, 122L, 123L, 136L, 137L, 138L, 
151L, 152L, 153L, 166L, 167L, 168L), class = "data.frame")

r ggplot2 ggpubr

DigiPath 27.12.2019 источник

comment

Пожалуйста, включите пример данных в текст вашего вопроса вместо ссылки на внешние данные, по причинам см .: bitly.com/98K8eH - Jon Spring 27.12.2019

comment

Полагаю, это stat_compare_means от ggpubr? Включите вызовы библиотеки, необходимые для запуска вашего кода. - Jon Spring 27.12.2019

comment

Да, функция взята из ggpubr. Причина, по которой я прикрепил ссылку, заключается в том, что данные довольно большие. Я постараюсь прикрепить фрагмент данных в теле. - DigiPath 27.12.2019

comment

Спасибо. Наиболее полезно включить вывод dput(SAMPLE_OF_DATA), чтобы мы могли напрямую воссоздать ваш объект данных. (Несколько форм данных могут быть напечатаны одним и тем же способом, поэтому напечатанный вид менее конкретен и полезен.) - Jon Spring 27.12.2019

Ответы (1)

arrow_upward
3
arrow_downward

Я думаю, ваша проблема возникла из-за stat_compare_means и использования comparisons. Я не совсем уверен, но предполагаю, что вывод значения p для stat_compare_means отличается от compare_means, и поэтому вы не можете использовать его для aes label.

Позвольте мне объяснить на вашем примере, что вы можете изменить отображение значения p следующим образом:

library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggplot(df, aes(x = location, y = value, color = location))+
  geom_boxplot()+
  stat_compare_means(ref.group = "N", aes(label = ifelse(p < 0.05,sprintf("p = %2.1e", as.numeric(..p.format..)), ..p.format..)))

Вы получили правильное отображение p.value, но потеряли столбцы. Итак, если вы используете аргумент comparisons, вы получите:

library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggplot(df, aes(x = location, y = value, color = location))+
    geom_boxplot()+
    stat_compare_means(comparisons = list(c("CT","N"), c("IF","N")), aes(label = ifelse(p < 0.05,sprintf("p = %2.1e", as.numeric(..p.format..)), ..p.format..)))

Итак, теперь у вас есть полосы, но не правильное отображение.

Чтобы обойти эту проблему, вы можете выполнять статистику вне ggplot2 с помощью compare_means функций и использовать пакет ggsignif для отображения правильного отображения.

Здесь я использую dplyr и функцию mutate для создания новых столбцов, но вы можете легко сделать это в base R.

library(dplyr)
library(magrittr)
c <- compare_means(value~location, data = df, ref.group = "N")
c %<>% mutate(y_pos = c(5,5.5), labels = ifelse(p < 0.05, sprintf("%2.1e",p),p))

# A tibble: 2 x 10
  .y.   group1 group2       p p.adj p.format p.signif method   y_pos labels 
  <chr> <chr>  <chr>    <dbl> <dbl> <chr>    <chr>    <chr>    <dbl> <chr>  
1 value N      CT     0.00866 0.017 0.0087   **       Wilcoxon   5   8.7e-03
2 value N      IF     0.00866 0.017 0.0087   **       Wilcoxon   5.5 8.7e-03

Затем вы можете построить его:

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggsignif)
ggplot(df, aes(x = location, y = value))+
  geom_boxplot(aes(colour = location))+
  ylim(0,6)+
  geom_signif(data = as.data.frame(c), aes(xmin=group1, xmax=group2, annotations=labels, y_position=y_pos),
                manual = TRUE)

Похоже на то, что вы пытаетесь построить?

dc37 27.12.2019

comment

Превосходно! Похоже, это именно то, что я хочу! Однако, когда я пытаюсь воспроизвести этот результат со своей стороны, он сообщает мне, что xmin, xmax, annotations и y_position - это неизвестная эстетика. Ты знаешь почему? - DigiPath; 27.12.2019

comment

Да, у меня такое же предупреждение, но это не мешает получить сюжет. Вы уловили сюжет? В этом сообщении есть решение: stackoverflow.com/questions/53763582/. Для меня это ничего не изменило. - dc37; 27.12.2019

R - переформатировать значение P в ggplot, используя stat_compare_means

Ответы (1)

Вопросы по теме