Ошибка в совпадении (x, table, nomatch = 0L): 'match' требует векторных аргументов

Я пытаюсь выполнить несколько упражнений с биокондуктором в облаке R studio. Выполнение первых двух кодов (# 1, # 2) прошло нормально, но последний код (# 3) выдает сообщение об ошибке. Пожалуйста, кто-нибудь может помочь?

#1 Transcribe dna_seq into an RNAString object and print it
 dna_seq <- subseq(unlist(zikaVirus), end = 21)
 dna_seq
  21-letter "DNAString" instance
seq: AGTTGTTGATCTGTGTGAGTC



#2 Transcribe dna_seq into an RNAString object and print it
 rna_seq <- RNAString(dna_seq) 
 rna_seq
  21-letter "RNAString" instance
seq: AGUUGUUGAUCUGUGUGAGUC

#3 Translate rna_seq into an AAString object and print it
aa_seq <- translate(rna_seq)
aa_seq

 aa_seq <- translate(rna_seq)

Ошибка при сопоставлении (x, table, nomatch = 0L): 'match' требует векторных аргументов aa_seq Ошибка: объект 'aa_seq' не найден


r bioinformatics bioconductor
person Bmb    schedule 03.02.2020    source источник
comment
Добро пожаловать в Stack Overflow. Ознакомьтесь с инструкциями по созданию минимального воспроизводимого примера (здесь) и попробуйте изменить свой вопрос соответствующим образом. Как есть, помочь тебе сложно.   -  person ulfelder    schedule 03.02.2020
comment
упражнения в облаке R studio - пожалуйста, дайте ссылку. Перечислите все пакеты, загруженные в R.   -  person zx8754    schedule 05.02.2020
comment
@ zx8754. Спасибо. Мне удалось решить проблему: я думаю, что произошло столкновение с функцией translate (), потому что она используется как пакетами seqinr, так и Biostring (я загрузил оба). Пришлось выгрузить seqinr, потому что упражнения, которые я делал, были основаны на Biostrings.   -  person Bmb    schedule 11.02.2020
comment
Оставьте свой комментарий как ответ ниже. stackoverflow.com/help/self-answer   -  person zx8754    schedule 11.02.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Спасибо. Мне удалось решить проблему: я думаю, что произошло столкновение с функцией translate (), потому что она используется как пакетами seqinr, так и Biostring (я загрузил оба). Пришлось выгрузить seqinr, потому что упражнения, которые я делал, были основаны на пакете Biostring.

person Bmb    schedule 12.02.2020