Создание форматированных ссылок с разными стилями цитирования на научные статьи без DOI

Я хотел бы оформить ссылки на научные статьи в разных стилях цитирования с Р.

С помощью пакета rcrossref я могу легко создавать ссылки на определенные статьи на основе их DOI в указанном вами стиле. Однако не все документы имеют DOI, поэтому я ищу простой способ получить цитаты в тексте с разными стилями на основе информации о статье из записи BibTeX или какого-либо другого типа ввода.

Использование rcrossref: Пакет содержит length(rcrossref::get_styles()) 2209 различных стилей.

Например, вы можете получить в тексте ссылки на некоторые наиболее цитируемые статьи (DOI из этого источника: https://doi.org/10.1038/514550a) с разными стилями текста в элементе списка следующим образом:

library(rcrossref)
# some DOIs of interest
dois <- c("10.1038/514550a", "10.1038/227680a0", "10.1016/0003-2697(76)90527-3",  "10.1073/Pnas.74.12.5463", "10.1016/0003-2697(87)90021-2", "10.1107/S0108767307043930")


# APA cv style
cr_cn(dois = dois, format = "text", style="apa-cv")
# same with Chicago style
cr_cn(dois = dois, format = "text", style="chicago-note-bibliography")
# same with Vancouver style
cr_cn(dois = dois, format = "text", style="vancouver")

Теперь предположим, что у меня есть запись без DOI f.ex. в формате BibTex, например:

@article {PMID:14907713,    Title = {Protein measurement with the Folin phenol reagent},    Author = {LOWRY, OH and ROSEBROUGH, NJ and FARR, AL and RANDALL, RJ},   Number = {1},   Volume = {193},     Month = {November},     Year = {1951},  Journal = {The Journal of biological chemistry},    ISSN = {0021-9258},     Pages = {265—275},  URL = {http://www.jbc.org/content/193/1/265.long} }

и я хотел бы также отформатировать эту запись f.ex в стилях APA cv, Chicago и Vancouver и получить результат в виде текста, как я могу это сделать? Я не нашел для этого функции. Есть ли в настоящее время какой-либо способ для этой задачи?

Спасибо!


r citations bibtex
person kmm    schedule 28.07.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Так что не похоже, что rcrossref поддерживает это, потому что все происходит на их сервере API, и, похоже, нет способа указать необработанную запись bibtex, у которой нет DOI.

Однако похоже, что pandoc, который обычно устанавливается вместе с RStudio и используется rmarkdown, имеет поддержку форматирования цитирования. Я попытался провести реверс-инжиниринг, чтобы увидеть, можно ли просто создать цитату для данной записи. Вот созданная мной функция.

citation <- function(bib, csl="chicago-author-date.csl", toformat="plain", cslrepo="https://raw.githubusercontent.com/citation-style-language/styles/master") {
  if (!file.exists(bib)) {
    message("Assuming input is literal bibtex entry")
    tmpbib <- tempfile(fileext = ".bib")
    on.exit(unlink(tmpbib), add=TRUE)
    if(!validUTF8(bib)) {
      bib <- iconv(bib, to="UTF-8")
    }
    writeLines(bib, tmpbib)
    bib <- tmpbib
  }
  if (tools::file_ext(csl)!="csl") {
    warning("CSL file name should end in '.csl'")
  }
  if (!file.exists(csl)) {
    cslurl <- file.path(cslrepo, csl)
    message(paste("Downling CSL from", cslurl))
    cslresp <- httr::GET(cslurl, httr::write_disk(csl))
    if(httr::http_error(cslresp)) {
      stop(paste("Could not download CSL.", "Code:", httr::status_code(cslresp)))
    }
  }
  tmpcit <- tempfile(fileext = ".md")
  on.exit(unlink(tmpcit), add=TRUE)
  
  writeLines(c("---","nocite: '@*'","---"), tmpcit)
  rmarkdown::find_pandoc()
  command <- paste(shQuote(rmarkdown:::pandoc()), 
                   "--filter", "pandoc-citeproc",
                   "--to", shQuote(toformat),
                   "--csl", shQuote(csl),
                   "--bibliography", shQuote(bib), 
                  shQuote(tmpcit))
  rmarkdown:::with_pandoc_safe_environment({
    result <- system(command, intern = TRUE)
    Encoding(result) <- "UTF-8"
  })
  result
}

Вы можете передать свою ссылку, и она преобразует ее в стандартный файл CSL. Эти файлы CSL и контролируют форматирование. здесь есть гигантское репо с разными CSL для разных форматов. Вы можете указать файл CSL, и если файл не существует, эта функция автоматически загрузит его из репозитория.

Вы можете передать необработанную цитату

test <- "@article {PMID:14907713,    Title = {Protein measurement with the Folin phenol reagent},    Author = {LOWRY, OH and ROSEBROUGH, NJ and FARR, AL and RANDALL, RJ},   Number = {1},   Volume = {193},     Month = {November},     Year = {1951},  Journal = {The Journal of biological chemistry},    ISSN = {0021-9258},     Pages = {265-275},  URL = {http://www.jbc.org/content/193/1/265.long} } "
citation(test)

Или, если данные были в файле, вы можете использовать имя файла

writeLines(test, "test.bib") 
citation("test.bib")

И если вы хотите использовать другой CSL, вы можете просто указать имя файла CSL в параметре CSL=

citation("test.bib", csl="apa-cv.csl")
citation("test.bib", csl="chicago-note-bibliography.csl")
citation("test.bib", csl="vancouver.csl")
person MrFlick    schedule 29.07.2020