Я анализирую данные микробиома, используя
library(phyloseq)
library(microbiome)
library(DirichletMultinomial)
и несколько других библиотек. Подгонка полиномиальных моделей Дирихле для подсчета данных dmn {DirichletMultinomial}
занимает довольно много времени. Можно ли выполнять вычисления на нескольких ядрах процессора в R. Я пробовал:
dat <- abundances(pseq)
count <- as.matrix(t(dat))
fit <- lapply(1:25, dmn, count = count, verbose=TRUE)
замена на:
library(parallel)
numCores <- detectCores()
...
fit <- mclapply(1:25, dmn, count = count, verbose=TRUE, mc.cores = numCores)
но возвращает сообщение errorWarning: In mclapply(1:25, dmn, count = count, verbose = TRUE, mc.cores = numCores): все запланированные ядра обнаружили ошибки в пользовательском коде
Я использую
R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
> detectCores()
[1] 4
Кто-нибудь может помочь?
С уважением, Марчин