Как я могу добавить круговые диаграммы на верхушку филогенетического дерева ggplot?

Я пытаюсь создать филогенетическое дерево с круговыми диаграммами на кончиках дерева, но я действительно застрял в том, как это сделать.

Вот простой сфабрикованный пример

library("treeio")
library("ggtree")

nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)

ggplot(tree, aes(x, y)) + geom_tree() + theme_tree() + geom_tiplab()

Филогенетическое дерево с ярлыками на концах

Если я теперь хочу включить небольшую круговую диаграмму на каждом кончике справа от названий ярлыков (следовательно, названия ярлыков с буквами должны все еще присутствовать), что мне делать?


r ggplot2 ggtree
person Phylo    schedule 29.09.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Этот код должен работать, используя ggplot с ggtree

library(ggtree)
library(reshape2)
library(ggplot2)

set.seed(2020-12-18)

## generate random data with 15 tips
num_tips = 15
tr <- rtree(num_tips)
p <- ggtree(tr)

a <- runif(num_tips, 0, 0.33)
b <- runif(num_tips, 0, 0.33)
c <- runif(num_tips, 0, 0.33)
d <- 1 - a - b - c
dat <- data.frame(a=a, b=b, c=c, d=d)

## melt the dataframe to create pie-charts
dat.m = melt(dat, id.vars = "tip")

## create list to hold all pie charts
pies = list()
for (i in 1:num_tips) {
  curr_dat = melt(dat[i,])
  ## create a ggplot object for each pie chart
  pies[[i]] =  ggplot(curr_dat, aes(y = value, fill = variable, x="")) + 
    geom_bar(stat = "identity") +
    coord_polar("y", start=0) +
    theme_void() + scale_fill_brewer(palette = "Set1", guide = F)
}
# give them the appropriate names and plot on tree
names(pies) = 1:15
inset(p, pies, width=0.1, height=0.1, hjust=0)

введите описание изображения здесь

person glhrsh    schedule 18.12.2020
comment
Чтобы включить метки наконечников, измените последнюю строку на: inset (p + geom_tiplab (), pies, width = 0.1, height = 0.1, hjust = -0.2) - person glhrsh; 18.12.2020