Сохранение истории для запуска скрипта Rscript через терминал / консоль

по работе я запускаю сценарии на виртуальных машинах в компьютерном кластере. Эти работы обычно большие и имеют большую производительность. Я бы хотел запустить сценарий через терминал. В конце скрипт создает свою копию, так что он содержит каждую строку, которая была частью скрипта (за вычетом последней, если это необходимо). Это очень важно для воспроизводимости и отладки в моей рабочей жизни, потому что я иногда не могу видеть, какие параметры или переменные включены в конкретное задание, поскольку я отправляю один и тот же сценарий несколько раз, только с немного разными параметрами, и папки не могут контролироваться версиями.

Представьте себе этот файл test.R:

a <- rnorm(100)


#test

# Saving history for reproducibility to folder
savehistory(file = 'test2.R')

Теперь я запускаю это через консоль на моем виртуальном узле и получаю следующую ошибку:

[XX home]$ Rscript test.R 
Error in.External2(C_savehistory, file): no history available to save
Calls: save history
Execution halted

Есть ли какая-нибудь команда типа save history, которая работает внутри только что выполненного скрипта?

Желаемый результат - файл с именем test2.R сохраняется, который содержит следующее:

a <- rnorm(100)


#test

# Saving history for reproducibility to folder

r rscript
person JAQuent    schedule 28.10.2020    source источник
comment
Есть ли причина, по которой Rscript test.R не работает? История, сохраняемая при запуске сценария, будет просто самим сценарием, верно?   -  person Dason    schedule 28.10.2020
comment
Да, это был бы план, но он не работает, по крайней мере, на моей виртуальной машине Linux.   -  person JAQuent    schedule 28.10.2020
comment
Нет, я спрашиваю, почему вам нужно записывать историю в test2.R, потому что все, что теоретически могло бы содержать, было бы содержимым test.R. Какова цель создания test2.R, если test.R уже содержит желаемый результат?   -  person Dason    schedule 28.10.2020
comment
Потому что я хочу создать точную копию сценария, который я использовал для отправки задания, и сохранить его с отметкой времени, чтобы я мог вернуться к нему позже, когда задание будет выполнено, и посмотреть на него снова без каких-либо последующих изменений, которые вносятся для повторной отправки с разницей в параметрах.   -  person JAQuent    schedule 28.10.2020

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вместо этого вы можете скопировать файл. Поскольку вы используете Rscript, имя сценария включается в commandArgs() в форме --file=test.R. Такая простая функция вернет путь к исполняющемуся скрипту:

get_filename <- function() {
  c_args <- commandArgs()
  r_file <- c_args[grepl("\\.R$", c_args, ignore.case = TRUE)]
  r_file <- gsub("--file=", "", r_file)
  r_file <- normalizePath(r_file)
  return(r_file)
}

Затем вы можете скопировать файл так, как считаете нужным. Например, добавление .backup:

script_name <- get_filename()
backup_name <- paste0(script_name, ".backup")
file.copy(script_name, backup_name)
person Nash D Delcamp    schedule 28.10.2020