Dbplyr: in_schema для использования одного и того же соединения для двух разных баз данных

По причинам, которые я не буду здесь объяснять, мне нужно использовать один и тот же объект подключения для чтения двух баз данных в dbplyr. Я нашел несколько онлайн-ресурсов, но не понимаю. Пожалуйста, посмотрите на изображение ниже. Может ли кто-нибудь сказать мне, что я делаю не так? Большое спасибо!

library(tidyverse)
library(DBI) # main DB interface
library(dbplyr) # dplyr back-end for DBs
#> 
#> Attaching package: 'dbplyr'
#> The following objects are masked from 'package:dplyr':
#> 
#>     ident, sql
library(RSQLite)


##create the databases

df1 <- tibble(x=1:20,y=rep(c("a", "b"), 10))


df2 <- tibble(x=101:120,y=rep(c("d", "e"), 10))


con <- dbConnect(drv=RSQLite::SQLite(), dbname="db1.sqlite")

dbWriteTable(con,"mydata1",df1, overwrite=T)

dbDisconnect(con) # closes our DB connection



con <- dbConnect(drv=RSQLite::SQLite(), dbname="db2.sqlite")

dbWriteTable(con,"mydata2",df2, overwrite=T)

dbDisconnect(con) # closes our DB connection


## Now that I have created the two databases, I try reading them with the same connection object

con <- dbConnect(drv=RSQLite::SQLite())


db1 <- tbl(con, in_schema("db1.sqlite","mydata1"))
#> Error: no such table: db1.sqlite.mydata1
db2 <- tbl(con, in_schema("db2.sqlite","mydata2"))
#> Error: no such table: db2.sqlite.mydata2


### but this fails miserably. How to fix it?

Создано 24 декабря 2020 г. пакетом REPEX (v0.3.0)


r dplyr dbplyr
person larry77    schedule 24.12.2020    source источник
comment
Если вы напишете собственную команду SQL (не через R или dbplyr), сможете ли вы получить доступ к обеим таблицам одновременно?   -  person Simon.S.A.    schedule 28.12.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

В синтаксисе R нет ничего плохого. По сути, я использую тот же подход с несколькими базами данных в среде SQL Server.

Это проблема конфигурации базы данных. Две ваши базы данных не настроены таким образом, чтобы один запрос мог получить доступ к таблице в обеих базах данных.

Для SQLite похоже, что это можно сделать в собственном SQL (не через R) с помощью команды ATTACH (см. этот принятый ответ ). Вы также можете найти этот вопрос полезным. Оба эти вопроса связаны с написанием SQL напрямую, что я бы порекомендовал для вашей первоначальной попытки, поскольку он позволяет избежать дополнительного уровня участия R.

Если вы хотите сделать это только через R, это, вероятно, будет выглядеть примерно так:

con <- dbConnect(drv=RSQLite::SQLite(), dbname="db1.sqlite")

dbExecute(con, "attach 'db2.sqlite' as db2;")

# test query
test_query = paste("SELECT COUNT(*) AS num FROM db1.mydata1","\n"
                   "UNION ALL","\n"
                   "SELECT COUNT(*) AS num FROM db2.mydata2")
dbGetQuery(con, test_query)

Если последняя команда работает, значит, вы знаете, что запрос SQL может (сейчас) затронуть обе базы данных, поэтому вы можете попытаться использовать in_schema для подключения к обеим.

person Simon.S.A.    schedule 04.01.2021
comment
Спасибо за разъяснения. - person larry77; 26.01.2021