Как настроить график со второй линией корреляции в ggpairs

Если вы хотите раскрасить точки и создать регрессионную линию по группам, вам нужно сопоставить эстетику с некоторой переменной.

В общем случае вы можете добавить сопоставление на верхний уровень, и это разделит все панели по группам.

ggpairs(iris, columns=1:4, mapping=aes(colour=Species))

Однако я думаю, что вам нужно проделать немного больше работы, если вы хотите построить график по группам только в одной части панели. Один из способов — сначала изменить вашу пользовательскую функцию на следующую. Это обеспечивает дополнительный параметр emap, который будет управлять эстетикой только в lowerFn.

lowerFn <- function(data, mapping, emap=NULL, method = "lm", ...) {
  # mapping <- c(mapping, emap)
  # class(mapping) = "uneval" # need this to combine the two aes
  # Can use this instead
  mapping <- ggplot2:::new_aes( c(mapping, emap))
  p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = method, ...) +
    theme_classic() # to get the white background and prominent axis
  p
}

Затем вы можете вызвать его следующим образом, что должно оставить диагональную и верхнюю эстетику в покое.

ggpairs(
  iris, columns=1:4,
  lower = list(continuous = wrap(lowerFn, 
                                 method = "lm", fullrange=TRUE, se=FALSE,
                                 emap=aes(color=Species))))                             

Это производит

Конечно, вы можете просто жестко закодировать свою группирующую переменную в пользовательской функции:

lowerFn <- function(data, mapping, method = "lm", ...) {
  p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) +
    geom_point(aes(colour=Species)) +
    geom_smooth(method = method, aes(colour=Species), ...)
  p
}

ggpairs(
  iris, columns=1:4,
  lower = list(continuous = 
                 wrap(lowerFn, method = "lm", 
                      fullrange=TRUE, se=FALSE)))

Комментарий: когда вы добавляете параметр colour к geom_point или geom_smooth в своей пользовательской функции, он отменяет сопоставленный colour, например. сравните результаты со следующими

ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, col=Species)) +
  geom_smooth(se=FALSE)

ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, col=Species)) +
  geom_smooth(col="red", se=FALSE)

Вопрос? Как ввести ключ для линии регрессии на графике?

Если бы вы использовали эстетику глобального / верхнего уровня, вы могли бы использовать ggpairs(iris, columns=1:4, aes(colour=Species), legend=1) и обычные функции ggplot theme для управления ею. Здесь этого сделать нельзя, так как группирующая переменная использовалась в пользовательской функции. Однако пакет предоставляет средства для добавления пользовательских легенд с аргументом legend; вы можете создать фиктивную легенду за пределами ggpairs, а затем добавить ее во время построения графика.

leg <- grab_legend(ggplot(data=iris, aes(x=NA, y=NA, colour=Species)) +
              geom_line() + theme(legend.direction = "horizontal"))

ggpairs(
  iris, columns=1:4, legend=leg,
  lower = list(continuous = 
                 wrap(lowerFn, method = "lm", 
                      emap=aes(color=Species),
                      fullrange=TRUE, se=FALSE))) +
  theme(legend.position = "top")