Запуск Rscript в конвейере Nextflow

Я пытаюсь запустить Rscript в конвейере Nextflow. В этом Rscript есть пакет ggolot2.

У меня такая ошибка:

Ошибка в библиотеке (ggplot2): нет пакета с именем ggplot2, выполнение остановлено.

Почему я получаю эту ошибку?

Вот код:

process fingerprint_plot {

    publishDir "${params.outdir}/fingerprint_plot", mode: 'copy'

    input:
    set val(sample_id), file(samples) from sample_cov_ch
    set val(control_id), file(controls) from control_cov_ch.collect()

    output:
    file("${sample_id}.fingerprint.pdf") into fingerprint_plot_ch

    script:
    """

    Rscript /mnt/Data/cut_and_tag/cut_tag_fingerprint_cmd.R --args ${controls} ${control_id} ${samples} ${sample_id} ${sample_id}.fingerprint.pdf

    """
}

person Shikan    schedule 26.03.2021    source источник
comment
Библиотека ggplot2 отсутствует в вашей среде выполнения. Как и предложил @TimurShtatland, вам нужно добавить r-ggplot2 в свой список зависимостей Conda: stackoverflow.com/a/66782501/751863   -  person Steve    schedule 29.03.2021


Ответы (1)


Возможно, ggplot2 не установлен. Вы можете установить Nextflow через conda следующим образом:

process fingerprint_plot {
    conda 'r-ggplot2'
    // ...
person Timur Shtatland    schedule 26.03.2021