Я пытаюсь запустить Rscript в конвейере Nextflow. В этом Rscript есть пакет ggolot2.
У меня такая ошибка:
Ошибка в библиотеке (ggplot2): нет пакета с именем ggplot2, выполнение остановлено.
Почему я получаю эту ошибку?
Вот код:
process fingerprint_plot {
publishDir "${params.outdir}/fingerprint_plot", mode: 'copy'
input:
set val(sample_id), file(samples) from sample_cov_ch
set val(control_id), file(controls) from control_cov_ch.collect()
output:
file("${sample_id}.fingerprint.pdf") into fingerprint_plot_ch
script:
"""
Rscript /mnt/Data/cut_and_tag/cut_tag_fingerprint_cmd.R --args ${controls} ${control_id} ${samples} ${sample_id} ${sample_id}.fingerprint.pdf
"""
}
r-ggplot2
в свой список зависимостей Conda: stackoverflow.com/a/66782501/751863 а> - person Steve   schedule 29.03.2021