Я пытаюсь разработать способ извлечения текстовых файлов из нескольких каталогов с помощью fs:dir_ls
и vroom
.
Структура каталогов по существу M:/instrument/project/experiment/measurements/time_stamp/raw_data/files*.txt
.
В идеале я хочу иметь возможность определить путь к уровню эксперимента, а затем позволить шаблону позаботиться обо всем остальном, например:
fs::dir_ls(path="M:/instrument/project/", glob = "experiment_*/2021-04-11*/raw_data/files*.txt", invert = TRUE, recurse = TRUE)
,
Итак, я читаю все файлы .txt в нескольких каталогах экспериментов за один раз, однако, когда я пробую этот подход, он возвращает все файлы из уровня проекта, а не из определенных папок, описанных шаблоном.
Я просмотрел другие вопросы SO по теме, рассмотренной здесь: Сопоставление с шаблоном с использованием подстановочного знака, файлы списка R с несколькими условиями, аргумент шаблона list.files в R, использование расширенного регулярного выражения и grep, используя вектор символов с несколькими шаблонами, но не Я не смог применить их к моей конкретной проблеме.
Любая помощь приветствуется, я понимаю, что ответ, скорее всего, смотрит мне в глаза, мне просто нужна помощь, чтобы увидеть его.
Спасибо
raw_data
, можете ли вы попробовать?list.files('M:/instrument/project/experiment/measurements/time_stamp/raw_data/', pattern = 'files.*\\.txt')
- person Ronak Shah   schedule 12.05.2021M:/Operetta/LED_Wound/operetta_export/plate_variability[540]/robot_seed_wide_plate_1[1614]/2021-05-10T113438+0100[1764]/SC_data/arpe19_10x_hoescht_h2dcfda_ints_morpho_SC[47280].result.A1[46991].Population - vaid_nuclei[0].txt
- person DrBalticYaldie   schedule 13.05.2021