Разделить на 3 символа

У меня очень простой вопрос: как в одном коде разделить следующий текст на 3?

mycodes <- c("ATTTGGGCTAATTTTGTTTCTTTCTGGGTCTCTC")
strsplit(mycodes, split = character(3), fixed = T, perl = FALSE, useBytes = FALSE)

[[1]]
 [1] "A" "T" "T" "T" "G" "G" "G" "C" "T" "A" "A" "T" "T" "T" "T" "G" "T" "T" "T" "C"
[21] "T" "T" "T" "C" "T" "G" "G" "G" "T" "C" "T" "C" "T" "C"

Это не то, что я хочу; Я хочу сразу три буквы:

[1] "ATT"  "TGG", "GCT"...............and so on the final may be of one, two or three letters depending upon the letter availability.

Спасибо;


r split character
person John    schedule 17.09.2011    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
7
arrow_downward

Я предполагаю, что вы хотите работать с кодонами. В таком случае вам стоит взглянуть на пакет Biostrings от Bioconductor. Он предоставляет множество инструментов для работы с данными биологической последовательности.

library(Biostrings)
?codons

Вы можете добиться желаемого, применив немного неуклюжего принуждения:

as.character(codons(DNAString(mycodes)))
person Jake    schedule 17.09.2011

arrow_upward
2
arrow_downward

Вот один из подходов с использованием пакета stringr

require(stringr)
start = seq(1, nchar(mycodes), 3)
stop  = pmin(start + 2, nchar(mycodes))
str_sub(mycodes, start, stop)

Выход

[1] "ATT" "TGG" "GCT" "AAT" "TTT" "GTT" "TCT" "TTC" "TGG"
[10] "GTC" "TCT" "C"
person Ramnath    schedule 17.09.2011

arrow_upward
2
arrow_downward

Вы также можете использовать:

 strsplit(data, '(?<=.{3})', perl=TRUE)
[[1]]
 [1] "ATT" "TGG" "GCT" "AAT" "TTT" "GTT" "TCT" "TTC" "TGG" "GTC" "TCT" "C"

or

library(stringi)
stri_extract_all_regex(data, '.{1,3}')
person Prasanna Nandakumar    schedule 25.04.2015