Пропорциональная диаграмма Венна и цветовая штриховка с полупрозрачностью

Вот сообщение, в котором обсуждается диаграмма Венна из списка кластеров и сопутствующие факторы.

Для простого решения используйте пакет venneuler:

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

Для получения более продвинутых и индивидуальных решений проверьте пакет VennDiagram.

library(VennDiagram) 
venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020), fill = c("lightblue", "green"), 
             alpha = c(0.5, 0.5), lwd =0, "venn_diagram.tiff")

Недавно я опубликовал новый пакет R, eulerr, который делает то, что вы хотите. Он очень похож на Venneuler, но без его несоответствий.

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

Или вы можете попробовать блестящее приложение для того же пакета r по адресу eulerr.co

Основываясь на втором ответе Geek On Acid, второе предложение (еще раз спасибо), я также смог бы решить проблему с линией. Я публикую, если это актуально для других гуглеров!

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Хотя это не полностью отвечает на ваш вопрос. Я подумал, что это будет полезно для других людей, желающих построить диаграмму Венна. Можно использовать функцию venn () из пакета gplots: http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

После этого я просто добавляю цвета и прозрачность с помощью иллюстратора.

Существует интуитивно понятный и гибкий пропорциональный плоттер, который можно загрузить и запустить. Найдите его по адресу: http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

а также

jvenn: интерактивный просмотрщик диаграмм Венна - GenoToul Bioinfo: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Я знаю, что OP спрашивает о решении в R, но я хотел бы указать на веб-решение под названием BioVenn. Он берет до 3 списков элементов и рисует диаграмму Венна, чтобы каждая поверхность была пропорциональна количеству элементов - например, эта:

На этой диаграмме я вручную (через PhotoShop) изменил расположение номеров, так как мне не нравились места, выбранные BioVenn. Но вы можете отказаться от номеров.

Теоретически списки, используемые с BioVenn, должны состоять из идентификаторов генов, но на практике это не имеет значения - списки просто должны содержать строки.

FWIW: нашел этот пакет для Python, который делает то же самое.