Вопросы по теме 'bioconductor'
обработка файлов multiFASTA
Мне было любопытно узнать, есть ли какой-нибудь инструмент биоинформатики, способный обрабатывать файл multiFASTA, предоставляя мне такую информацию, как количество последовательностей, длину, содержание нуклеотидов / аминокислот и т. Д. И,...
2421 просмотров
schedule
16.10.2021
объединить два data.frame с условием в R
Я хотел бы сравнить два набора данных df1 и df2 таким образом, чтобы уникальные символы в df2$ID были добавлены в качестве нового столбца в df1 и присвоили значение df2$Xp для каждого гена, если координаты df1 перекрываются с координатами...
148 просмотров
schedule
12.11.2021
Установка пакетов Bioconductor
Я установил R (3.4.0) на свой Ubuntu. Я хочу использовать пакет EdgeR. Я попытался следовать инструкциям по установке, доступным на веб-сайте Bioconductor, чтобы установить пакеты Bioconductor.
Я использовал следующие команды в R:...
927 просмотров
schedule
15.09.2021
Достигнуто максимальное количество DLL
Я получаю эту ошибку в R при попытке загрузить новые библиотеки.
Installation failed: unable to load shared object 'C:/R/R-3.4.0/library/curl/libs/x64/curl.dll':
`maximal number of DLLs reached...
Это не имеет отношения к curl , это может...
2407 просмотров
schedule
21.10.2021
Как загрузить данные об экспрессии генов из базы данных генов NCBI
В базе данных генов NCBI я могу добавить треки экспрессии (обведены на картинке) с помощью кнопки «Дорожки», но Как я могу напрямую загрузить данные экспрессии, а не просто смотреть на картинку?
109 просмотров
schedule
19.09.2021
Проблема OpenBLAS с функцией ComBat () пакета R Bioconductor SVA в кластере Torque
У меня проблема с функцией ComBat () из пакет Bioconductor SVA в R.
На моем ноутбуке (Latitude 5590 с операционной системой Linux Ubuntu 18) он работает хорошо. Но если я запустил его на кластере TORQUE, вызов функции ComBat () сгенерирует...
160 просмотров
schedule
12.09.2021
Определение максимальной оценки по массиву
У меня есть последовательность из 569 аминокислотных остатков, каждому из которых присвоена оценка. Я хочу идентифицировать последовательную последовательность из 10 таких аминокислот, которая максимизирует оценку. Есть ли элегантный способ сделать...
48 просмотров
schedule
07.10.2021
Ошибка в совпадении (x, table, nomatch = 0L): 'match' требует векторных аргументов
Я пытаюсь выполнить несколько упражнений с биокондуктором в облаке R studio. Выполнение первых двух кодов (# 1, # 2) прошло нормально, но последний код (# 3) выдает сообщение об ошибке. Пожалуйста, кто-нибудь может помочь?
#1 Transcribe dna_seq...
979 просмотров
schedule
12.11.2021
ebayes в лимме с использованием матрицы выражений
Я никогда раньше не работал с данными массива, и у меня есть несколько основных вопросов по моей настройке. Я нормализовал данные во временном ряду с двумя повторениями.
мои образцы:
colnames(hela.bc)
[1] "I.0h" "I.1h" "I.2h" "I.3h"...
232 просмотров
schedule
26.03.2022
R 3.1.0 Проблемы при установке пакета Bioconductor
Обновить
Я опубликовал рабочее исправление ниже. Это не решает проблему полностью, но это обходной путь. Я все еще хотел бы, чтобы он работал, поэтому, если кто-то добавит лучшее решение, я выберу его!
Проблема
Я пытаюсь установить...
1517 просмотров
schedule
23.05.2022
извлекать/разбирать большие мультифасты на выравнивания, используя таблицу (csv, tsv)
Мне часто нужно разбить большой мультифаст на отдельные мультифасты для последующего выравнивания, используя таблицу, сгенерированную из какой-то другой программы/кода.
У меня есть большая мультифаста (seq.fa):
>sp1_gene1
ATTAC...
250 просмотров
schedule
16.06.2022
Биостроки ошибки DNAStringSet в R
Я опубликовал это же затруднительное положение на Biostars, но похоже, что трафик там низкий, поэтому я подумал, что могу изложить его здесь.
Я пытаюсь импортировать fasta-файл последовательностей в R, используя пакет Bioconductors «Biostrings» и...
1071 просмотров
schedule
29.06.2022
Подмножество ExpressionSet
У меня есть объект ExpressionSet , который я хочу разделить. Например,
> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
..@ assayData :..
..@ phenoData :
.. .. .. ..$ STATUS : num [1:210] 1 1 1 1 1...
2314 просмотров
schedule
03.07.2022
Измените цвет края, цвет шрифта и цвет отметки на сетевом графике гаплотипов в R
Используя руководство по:
Как строить круговые диаграммы в сетях гаплотипов haploNet {pegas}
Я смог построить график гаплотипов для своих данных. Вот мой код:
library(ape)
library(plyr)
library(pegas)
## example.DNAbin is the DNAbin...
736 просмотров
schedule
24.07.2022
Измените метки дорожек ggbio на горизонтальные
На базовом графике R у нас есть las возможность поворота меток осей.
Есть ли способ сделать метки time1 и time2 горизонтальными, используя функцию tracks() из пакета ggbio ?
require(ggplot2)
require(ggbio)
## make a simulated time...
280 просмотров
schedule
04.08.2022
-Inf содержание в матрице веса позиции
Что это означает, когда у меня есть содержимое -Inf в некоторых позициях матрицы весов позиций?
Я использую пакет seqLogo. Для построения seqLogo:
library(seqLogo)
seqLogo(weight_matrix, ic.scale=TRUE, xaxis=TRUE, yaxis=TRUE, xfontsize=15,...
161 просмотров
schedule
08.08.2022
R + Bioconductor: объединение наборов зондов в ExpressionSet
Во-первых, это может быть неправильный форум для этого вопроса, поскольку он чертовски специфичен для R + Bioconductor. Вот что у меня есть:
library('GEOquery')
GDS = getGEO('GDS785')
cd4T = GDS2eSet(GDS)
cd4T <- cd4T[!fData(cd4T)$symbol ==...
1540 просмотров
schedule
06.09.2022
Отсутствующие уровни в легенде с использованием функций autoplot() + scale_color_manual()
Я пытаюсь построить три разных файла кровати (один с данными SNP, другой с удалениями и третий с данными дублирования), но я не могу управлять легендой, чтобы она содержала значения трех слоев, если я не поместил данные целиком в тот же файл....
809 просмотров
schedule
03.09.2022
Извлечение значений из объектов IRanges в R/Bioconductor
Я импортировал дорожку выравнивания UCSC в R с помощью import.bw() (из пакета rtracklayer), но у меня возникли проблемы с доступом к нужным мне значениям.
Например: я хочу предоставить хромосому и основание и вернуть значение в этой позиции.
Мой...
1384 просмотров
schedule
29.10.2022
в R как получить сообщения об ошибках на английском языке
Я пробую несколько руководств по биопроводнику; но я получаю сообщения об ошибках, которые я хотел бы найти/отправить; к сожалению, поскольку R установлен в системе, настроенной на французском языке, R возвращает мне сообщения на французском языке;...
2930 просмотров
schedule
17.11.2022
