Вопросы по теме 'cox-regression'
Есть ли способ получить частичную вероятность модели Кокса PH с новыми данными и фиксированными коэффициентами?
Я выполняю перекрестную проверку модели пропорциональных рисков конкурирующих рисков. С помощью mstate pacakge я подготовил свои данные и подгоняю их с survival::coxph . Я получаю подобранный объект модели Кокса для моих обучающих данных, но я...
2636 просмотров
schedule
06.11.2021
Набор данных о выживании, разбитый по годам, начиная с 1 января
У меня есть следующий набор данных о выживании, который я хотел бы разделить на 1 января каждого года. Например, для персонажа 1220 я бы сделал разделение на 1912-01-01, 1913-01-01, 1914-01-01, 1915-01-01. Я пробовал использовать survSplit , но они...
58 просмотров
schedule
06.11.2021
Оценки параметров и дисперсия для стратифицированных переменных в регрессии Кокса (пакет страта / выживаемость)
Я выполнил регрессию Кокса с использованием пакета survival для расчета коэффициента риска смертности от воздействия A. Я обнаружил, что переменная age нарушает допущение о пропорциональном риске (с cox.zph ) и использовал strata(age) для...
563 просмотров
schedule
18.11.2021
Как работать с необратимой матрицей в анализе выживаемости
Я новичок в анализе выживаемости. Пробовал использовать CoxPHFitter , но наткнулся на эту ошибку. numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Matrix is singular.
Пройдя через эту ошибку, я узнал, что в одном из моих столбцов есть необратимая матрица....
853 просмотров
schedule
13.10.2021
Экспорт результатов регрессии Кокса в Excel или Word с помощью пакета публикации
Глядя на код ниже
library(pec)
data(GBSG2,package="pec")
setDT(GBSG2)
GBSG2
library(survival)
library(prodlim)
library(Publish)
cox_lung <- coxph(Surv(time,cens)~tgrade+age+strata(menostat)+tsize+pnodes+progrec+estrec,data=GBSG2)...
45 просмотров
schedule
24.11.2021
Несколько входов для coxph
Есть ли способ запустить coxph для нескольких входов. Здесь я использовал ввод hsa_let_7b_5p .
coxph(Surv(Time, Status)~ hsa_let_7b_5p, data=as.data.frame(test))
Call:
coxph(formula = Surv(Time, Status) ~ hsa_let_7b_5p, data =...
213 просмотров
schedule
02.03.2022
Модель Кокса с конкурирующим риском для выживания
Я использую пакет survival для анализа конкурирующих рисков и хотел бы использовать прогноз для моделирования.
Я планирую выбрать однородный случайный x из [0, 1], найти время завершения из кривой выживания, которая пересекается с x; а затем...
298 просмотров
schedule
02.03.2022
Модель пропорциональных рисков Кокса - взаимодействие
Я хочу протестировать взаимодействие (для модели пропорциональных рисков Кокса) между типом трансплантата и типом заболевания, используя основные эффекты и условия взаимодействия в данных исследования трансплантации костного мозга в Университете штата...
74 просмотров
schedule
01.03.2022
Как cox.zph работает с зависящими от времени ковариатами?
У меня есть модель coxph с 5 переменными, зависящими от времени и 2 переменными, не зависящими от времени. Я хочу проверить допущение о пропорциональных рисках, а также остатки мартингейла и отклонения, используя cox.zph. У меня вопрос: как эта...
6695 просмотров
schedule
07.03.2022
Объединение условно исчисленных данных по модели Кокса
Я хочу вменять некоторые недостающие данные в таблице и запускать модель Кокса для вмененной таблицы.
Я могу получить вменение для моих данных, а модель Кокса - для вмененных данных, но я не понимаю, как просматривать выходные данные Кокса из...
905 просмотров
schedule
31.03.2022
Каково значение по умолчанию для функции преобразования времени в команде coxph?
Краткое введение:
Модель пропорциональных опасностей Кокса (PH) может быть оценена с помощью функции coxph пакета survival . Очевидным требованием для получения разумных результатов от модели этого типа является пропорциональность рисков, то...
2253 просмотров
schedule
09.04.2022
Установка контрольной группы для коэффициента опасности, рассчитанного с использованием функции coxph в R
когда я запускаю coxph(Surv(Time, Status)~Class, data = df) для набора данных, как показано ниже, он всегда устанавливает контрольную группу в алфавитном порядке, в этом случае контрольной группой будет MutantA. Есть ли способ сказать ему, чтобы...
7633 просмотров
schedule
19.04.2022
Матрица Coxph X считается сингулярной без идеальной классификации?
Я пытаюсь провести самоконтролируемую серию случаев, используя пакет sccs из здесь . Это статистический метод, который берет «исходный» и «выставленный» периоды в течение времени, например, год жизни больного. Периоды воздействия могут...
502 просмотров
schedule
06.05.2022
R: Прогнозирование и построение кривой выживаемости с помощью CoxPH
Я пытаюсь спрогнозировать и построить (оценочную) кривую выживаемости для нового наблюдения в R. Используя библиотеку выживания и набор данных о легких, я сначала подобрал модель пропорциональных рисков Кокса к данным. Затем я попытался предсказать и...
414 просмотров
schedule
09.05.2022
Случайные наклоны Пропорциональные опасности Кокса
Я пытался использовать coxme для извлечения случайных наклонов для каждой ковариаты в моей модели.
library (coxme)
Start <- runif(5000, 1985, 2015)
Stop <- Start + runif(5000, 2, 10)
S <- data.frame (
X1 <- runif(5000, 5.0, 7.5),...
766 просмотров
schedule
02.06.2022
Прогнозирование выживания во времени (кумулятивная опасность)
Как с помощью R можно разработать показатель индекса для прогнозирования общей выживаемости пациентов (ОВ) ?
У меня есть короткий список из 4 предикторов-кандидатов, которые показали связь с ОС. Они получены в результате многомерной регрессии...
48 просмотров
schedule
30.05.2022
Объединение результатов Cox PH после многократного вменения с помощью пакета MICE
У меня есть набор данных с данными о выживании и несколькими отсутствующими ковариатами. Я успешно применил пакет mouses для импутации m-числа наборов данных с помощью функции mice() , создал объект imputationList и применил модель PH Кокса к...
3602 просмотров
schedule
15.07.2022
Предсказать выживание с помощью пакета RMS в R?
Я использую функцию Survest в пакете RMS для расчета вероятностей выживания. Я хочу иметь возможность взять подмножество моих данных и передать их через опрос. Я разработал цикл for, который делает это. Это запускает и выводит вероятности выживания...
623 просмотров
schedule
09.09.2022
Применение одномерной функции coxph к нескольким ковариатам (столбцам) одновременно
Во-первых, я собрал по этой ссылке Применение функции к нескольким столбцам , которая использует Функция «функция», возможно, сделает то, что я ищу. Тем не менее, я не смог совершить скачок от размышлений об этом в представленном виде к тому, чтобы...
3453 просмотров
schedule
04.10.2022
coxph() Матрица X считается сингулярной;
У меня возникли проблемы с использованием coxph(). У меня есть две категориальные переменные: «технология» и «пайс», и я хочу оценить возможный эффект взаимодействия «пайс» на «технологию». «Технология» — это переменный фактор с двумя уровнями: GPS и...
13598 просмотров
schedule
29.01.2023
