Вопросы по теме 'cytoscape'
Преобразовать фрейм данных корреляции в словарь {key = (sample_x, sample_y), value = correlation}
Итак, я пытаюсь сделать что-то очень похожее на эти 2 сообщения, но есть несколько отличий. Во-первых, мне не нужен файл csv, поэтому нет модуля csv, и я хочу, чтобы это было сделано на Python, а не на R.
Преобразовать матрицу смежности в...
807 просмотров
schedule
18.10.2021
Cytoscape Desktop: Скрыть невыделенные края в фильтре?
У меня есть граф Cytoscape 3.4.0 с множеством ребер, поэтому я создал фильтр выбора.
Я установил цвет стиля невыделенных краев на цвет фона, но они по-прежнему закрывают выбранные края.
Можно ли полностью скрыть невыделенные края?
116 просмотров
schedule
25.09.2021
Выделите фактический путь в дереве в соответствии с данными в Cytoscape
Я пытаюсь выделить все узлы и пути при щелчке от узла до корня.
В этой ссылке я нашел частичный пример - Как выделить путь между двумя узлами в CYTOSCAPE JS .
Код в приведенной выше ссылке использует алгоритм Дейкстры для поиска кратчайшего...
305 просмотров
schedule
08.11.2021
Функциональное обогащение не получено, возможно, из-за ошибки в StringApp 1.5.0 и Cytoscape 3.7.2
Я здесь новичок и пытаюсь обойти функциональное обогащение с помощью StringApp (1.5.0) и Cytoscape (3.7.2). Я следую доступному руководству https://cytoscape.org/cytoscape-tutorials/protocols/differenfully-expressed-genes/#/8 , но я всегда получаю...
34 просмотров
schedule
13.10.2021
как использовать разные цвета для маркировки узлов в cytoscape.js?
в настоящее время я пытаюсь реализовать эту функцию:
Я создал на сайте селектор цветов. Как только пользователь выберет определенный цвет, цвета выбранных им узлов и их соседних узлов будут изменены на цвет, выбранный после нажатия.
Например, в...
807 просмотров
schedule
25.11.2021
Cytoscape против STRING для длинного списка белков
Я на полпути к реализации своего университетского проекта, и у меня возникла проблема. У меня есть длинный список из примерно 1000 белков, которые я хотел проанализировать в STRING, однако мой список слишком велик. Я решил попробовать использовать...
32 просмотров
schedule
15.09.2021
Как создать сеть коэкспрессии генов из фрейма данных, содержащего информацию об узлах и краях, с помощью пакета Rcy3 или igraph в R?
У меня есть фрейм данных коэкспрессии генов, который содержит узлы «от» (Probe_ID1), «к» узлам (Probe_ID2) и параметр коэкспрессии (Pearson_correlation). Я хотел бы создать неориентированную сеть через cytoscape в R. Я пробовал пройти несколько...
209 просмотров
schedule
27.02.2022
Выполнение функций центральности на всех узлах с помощью Cytoscape.js
Мне нужно вычислить степень , центральность близости и промежуточности для каждого узла на графике. В настоящее время я использую функции, встроенные в Cytoscape.js, на каждом узле после события cy.ready() . Однако, поскольку графики довольно...
790 просмотров
schedule
11.03.2022
Cytoscape js создает настраиваемый рендерер (расширение рендерера)
Кто-нибудь может помочь мне с созданием расширения рендерера для cytoscape js lib.
Вот как это работает сейчас:
let CanvasRenderer = cytoscape('renderer', 'canvas');
CanvasRenderer.prototype.drawPolygonPath = function(context, x, y,...
642 просмотров
schedule
28.03.2022
Как импортировать в cytoscape igraph и его настройки (раскраску узлов и т. Д.)?
Что я пытаюсь сделать
Я использую пакет igraph R для создания и визуализации интересующей сети.
Макет в R довольно плохой. Я хотел бы импортировать свою сеть в Cytoscape, чтобы самому составить макет.
Что не работает
Я сохраняю свой...
777 просмотров
schedule
23.04.2022
Как в Cytoscape.js запустить перерисовку узла после изменения данных?
Кто-нибудь знает, как вызвать перерисовку узла? У меня есть случай, когда базовый объект данных обновляет свое свойство 'label', и единственные способы, которыми я могу запустить cytoscape для перерисовки меток:
Вызовите некоторую комбинацию...
614 просмотров
schedule
07.05.2022
Открытие сетевого файла в Cytoscape с помощью cmd и Python
Итак, у меня есть сценарий python, который создает график networkx и экспортирует его как .graphml, и я хочу, чтобы сценарий также мог открывать cytoscape с загруженной сетью без какой-либо работы со стороны пользователя. Я понимаю:
cytoscape.bat...
645 просмотров
schedule
25.06.2022
Как предотвратить реакцию графика при нажатии кнопки масштабирования на графике вcytoscape.js
Я использую Cytoscape.js. График монтируется в div с идентификатором моей сети. Я поместил кнопку поверх этого графика, которая позволяет увеличить масштаб. Когда вы нажимаете кнопку масштабирования, узел, спрятанный под кнопкой, реагирует на ваш...
27 просмотров
schedule
28.06.2022
Сеть болезней
У меня есть таблица с двумя столбцами: один столбец содержит Disease names , другой содержит Genes . Я хочу создать граф только из Disease nodes , соединяющий два узла, если на них влияет общий ген.
Как я могу сделать это в Cytoscape?
23 просмотров
schedule
30.06.2022
Длина края макета Cytoscape Cola.js = визуализация корпуса текста
Я хочу установить длину ребра с весом в моем data.json.
Как и в демонстрации cytoscape-spread , длина ребра должна быть больше в зависимости от веса.
"data" : {
"id" : "1965",
"source" : "108",
"target" : "149",
"shared_name" :...
916 просмотров
schedule
03.07.2022
Использование jung2 в плагинах для цитоскейпа
Я занялся java около полутора недель с прицелом на написание плагинов для цитоскейпа и использование jung2 для анализа и управления графическими объектами цитоскейпа. Есть ли способ расширить объект графа цитоскейпа, назвав его классом xyz, чтобы...
84 просмотров
schedule
15.07.2022
Cytoscape.js все узлы находятся друг над другом при создании в цикле
Я показываю блок-схему со значениями из файла JSON.
Когда я создаю свой элемент статическим образом, например:
elements: {
nodes: [
{ data: { id: 'INIT' } },
{ data: { id: 'BUSINESS_RULES_1' } },
{ data: { id:...
706 просмотров
schedule
09.08.2022
Как установить начальную позицию узлов вcytoscape.js с помощью cy.load?
Я пытаюсь установить начальную позицию своих узлов вручную, но загружаю их из структуры JSON. Если я поместил позицию в структуру «узлов», она работает, однако я пытаюсь добавить отдельную структуру под названием «позиции», которая, по моему мнению,...
11759 просмотров
schedule
14.08.2022
Поиск уникальных пар между узлами в Cytoscape.js
Я использую Cytoscape.js . У меня есть несколько узлов, связанных с ребрами.
Я хочу пройти через каждое соединение между двумя узлами. Проблема в том, что в некоторых случаях два узла имеют несколько ребер между собой, поэтому я не могу просто...
369 просмотров
schedule
01.09.2022
Cytoscape — установить nodeCustomGraphicsSizeSync и nodeSizeLocked из CyREST
Есть ли способ программно установить nodeCustomGraphicsSizeSync и nodeSizeLocked в Cytoscape с помощью API CyRest?
Обычно они устанавливаются в пользовательском интерфейсе двумя флажками «Подогнать пользовательскую графику к узлу» и...
39 просмотров
schedule
29.08.2022
