Вопросы по теме 'mcmc'
PyMC: Как я могу описать модель пространства состояний?
Раньше я кодировал свой MCMC с помощью C. Но я хотел бы попробовать PyMC.
Предположим, что X_n - это базовое состояние, динамика которого следует за цепью Маркова, а Y_n - наблюдаемые данные. Особенно,
Y_n имеет распределение Пуассона со...
1062 просмотров
schedule
06.11.2021
Ошибка "Ведущий минор порядка% не является положительно определенным" в MICE
При запуске mice в R с довольно большим набором данных (30 категориальных предикторов и прогнозируемые переменные, n = 1000) я получаю следующую ошибку:
Ошибка в chol.default(fit.sum$cov.unscaled) : ведущий минор порядка 17 не является...
5794 просмотров
schedule
21.10.2021
Преобразование смеси гауссианов в PyMC3
Я пытаюсь изучить PyMC3, я хочу сделать простую смесь примеров гауссианцев. Я нашел этот пример и хочу преобразовать его в pymc3, но в настоящее время я получаю сообщение об ошибке при попытке построить график трассировки.
n1 = 500
n2 = 200
n...
1649 просмотров
schedule
19.11.2021
Rstan на Rstudio MCMC имеет слишком высокое время работы (ограниченное использование доступного ЦП и ОЗУ)
Я новичок в мире Рстана, но мне он очень нужен для моей диссертации. На самом деле я использую сценарий и аналогичный набор данных от парня из Нью-Йоркского университета, который сообщает, что примерное время для аналогичного DS составляет около 18...
534 просмотров
schedule
05.09.2021
Как сделать усеченный нормальный априор: преобразование pymc2 в pymc3
Как в pymc3 настроить усеченный нормальный априор? В pymc2 это довольно просто (см. Ниже), но в pymc3, похоже, больше нет доступного усеченного нормального распределения.
Pymc2:
TruncatedNormal('gamma_own_%i_' % i, mu=go, tau=v_gamma_inv,...
1498 просмотров
schedule
09.11.2021
MCMCpack подавляет вывод функции MCMCmetrop1R
Функция MCMCmetrop1R имеет возможность подавлять вывод на экран с помощью параметра verbose=FALSE или verbose=0 . однако это не останавливает функцию, сообщающую следующее, когда функция завершает свою работу....
144 просмотров
schedule
21.11.2021
MCMC в предложении изменения R
Я работаю с MCMC в области популяционной генетики, и у меня есть некоторые сомнения. У меня нет опыта в статистике, и из-за этого у меня возникают трудности.
У меня есть код для запуска MCMC, 1000 итераций. Я начинаю с создания матрицы с нулями...
94 просмотров
schedule
26.11.2021
Оценка назначения кластера с помощью Stan
Я пытаюсь подогнать модель конечной гауссовой смеси с неизвестным средним значением и ковариациями, используя Stan. Я знаю, что, поскольку HMC не может быть применен к выборке из дискретных распределений, метод маргинализации обычно используется для...
355 просмотров
schedule
17.10.2021
Отследить отдельные размеры с помощью графика трассировки PYMC3?
Я использовал PYMC3 для выполнения вывода по модели байесовской логистической регрессии. Я хочу найти апостериор по весам $ \ beta \ in \ mathbb {R} ^ K $ с учетом гауссовского априорного значения $ \ mathcal {N} \ sim (0, I) $.
При этом...
1128 просмотров
schedule
22.10.2021
PyMC3 намного медленнее, чем PyMC в выборке Metropolis
Я пытаюсь сравнить скорость выборки между PyMC и PyMC3.
PyMC:
p1 = pymc.Normal('p1', 10, 0.5)
p2 = pymc.Gamma('p2', 11, 5)
p3 = pymc.Normal('p3', p1, p2)
model = pymc.Model([p1, p2, p3])
mcmc = pymc.MCMC(model)...
965 просмотров
schedule
14.09.2021
Как согласовать TFP с результатами PyMC3 MCMC?
При тестировании TFP я попытался взять образец из апостериорного распределения модели сопряженных нормальных норм (известная дисперсия), то есть
x | mu ~ нормальный (mu, 1.)
mu ~ Нормальный (4., 2.)
Пробоотборник tf.mcmc.RandomWalkMetropolis...
226 просмотров
schedule
10.09.2021
Порядковая модель MCMCglmm в R
Я пытаюсь объяснить изменения жизнеспособности деревьев от 1 до 3 (1 = зеленый, 2 = повреждение, 3 = сухой), используя климатические переменные в модели MCMCglmm. К сожалению, у меня возникают два вопроса:
1. Как интерпретировать сводку модели...
188 просмотров
schedule
29.09.2021
оптимизация простой программы сэмплера Гиббса на Common Lisp
В качестве упражнения я переписал пример программы в сообщении блога Сэмплер Гиббса на разных языках (пересмотренный) Даррена Уилкинсона.
Код появится ниже. Этот код запускается на моем (5-летнем) компьютере примерно за 53 секунды, используя...
1380 просмотров
schedule
21.04.2022
Распределение Дирихле в PyMC
Может кто-нибудь объяснить работу с дистрибутивом Дирихле в PyMC (с рабочим примером)?
Я понимаю, что это тривиально, но я не могу найти следы всех компонентов. Есть ли выход?
Я уже разместил соответствующую часть моего кода здесь
KeyError...
893 просмотров
schedule
18.05.2022
Байсейский + Pymc. Как вызвать интеграцию при определении модели в pymc
Я новичок в pymc. У меня возникают трудности с определением модели в моем коде. Модель включает интегрирование по длине шага. Я в замешательстве, потому что не знаю, могу ли я определить функцию как детерминированную с переменными из данных и...
123 просмотров
schedule
08.07.2022
почему моя реализация алгоритма мегаполиса (mcmc) на Python такая медленная?
Я пытаюсь реализовать алгоритм Metropolis (более простой версия алгоритма Метрополиса-Гастингса) на Python.
Вот моя реализация:
def Metropolis_Gaussian(p, z0, sigma, n_samples=100, burn_in=0, m=1):
"""
Metropolis Algorithm using a...
3755 просмотров
schedule
15.07.2022
Tensorflow MCMC не развивает состояния цепочки
Я новичок в тензорном потоке и MCMC в целом. Я делаю несколько базовых расчетов с разными моделями, самая базовая модель сходится без проблем и дает хорошие результаты из расчета MCMC. Однако, когда я использую более продвинутую модель, у меня...
48 просмотров
schedule
28.07.2022
R - мегаполис RW с использованием гиббса терпит неудачу
Я хочу сделать выборку из апостериорной, где LambdaA и LambdaB - экспоненциальные скорости A и B. Кроме того, y - это наблюдения случайных величин.
Апостериор дается
и по числовым причинам я беру журнал этой функции.
Данные:...
637 просмотров
schedule
04.08.2022
Как указать более сильные приоры в MCMCglmm?
Я несколько недель работал с R-пакетом MCMCglmm. Работаю с ним впервые. Я прочитал много статей и руководств для лучшего понимания, но я не могу решить проблему, которая у меня есть:
Это часть моих данных (только для одного человека):
Species...
812 просмотров
schedule
23.08.2022
Данные наблюдения PyMC для суммы случайных величин
Я пытаюсь вывести параметры моделей с помощью PyMC. В частности, наблюдаемые данные моделируются как сумма двух разных случайных величин: отрицательного бинома и пуассона.
В PyMC алгебраическая композиция случайных величин описывается...
1278 просмотров
schedule
02.09.2022
