Я сделал свой конвейер и хотел бы распечатать перед каждым процессом небольшое описание того, что выполняется. Я в основном пытался добавить «печать» перед каждым процессом в моем скрипте. Когда я запускаю конвейер, он сначала просто распечатывает...

[Kasumi_H3K36, Kasumi_IgG, /mnt/Data/cut_and_tag/work/d0/3db2bde9eb1bdb0578073fb128bc4c/Kasumi_H3K36.no0.bedgraph] [Kasumi_JMJD1C, Kasumi_IgG, /mnt/Data/cut_and_tag/work/b1/dffe2120acda5b05860e1a3bb0c1bf/Kasumi_JMJD1C.no0.bedgraph] [Kasumi_NCOR1,...

Я пытаюсь запустить Rscript в конвейере Nextflow. В этом Rscript есть пакет ggolot2. У меня такая ошибка: Ошибка в библиотеке (ggplot2): нет пакета с именем ggplot2, выполнение остановлено. Почему я получаю эту ошибку? Вот код: process...

У меня есть такие процессы: #!/usr/bin/env nextflow params.queries = "" params.db = "" queries = Channel.fromPath(params.queries) queries.into { queries_psiblast; queries_pssm } db = file(params.db) process PsiBlast { input: file query...

Я запускаю два процесса (как показано ниже) в сценарии nextflow. Первый процесс выводит некоторые графики, которые должны быть включены вторым процессом для создания файла pdf. Оба эти процесса выполняются внутри контейнера докеров (docimage:...

У меня есть пара файлов fasta, которые я хочу разделить на более мелкие части, чтобы распараллелить обработку. Первая фаста reads.fasta содержит последовательности ДНК...

Я работаю над Slurm под управлением HPC и CentOS. Моему программному обеспечению рабочего процесса (Nextflow v19.10.0) необходимо выполнить эту команду squeue --noheader -o %i %t -t all -u username Однако у меня возникает ошибка, возникает...

Я пишу код для своего рабочего процесса Nextflow, который использует groovy. У меня есть файл конфигурации JSON со следующими параметрами: "barcodes": { "004F--004R": { "laa_params": {...

Я реализовал некоторые рабочие процессы анализа данных NGS с помощью Nextflow. Я использовал парные конечные каналы (метод fromFilePairs) для некоторых своих рабочих процессов. У меня возникла проблема, которой я не ожидал после выполнения...

Я пытаюсь объединить x количество файлов BAM, созданных путем одновременного выполнения нескольких выравниваний (для пакетов y количества файлов fastq) в один единственный файл BAM в Nextflow. Пока что при выполнении выравнивания и сортировки /...

Мои данные структурированы как образцы, которые запускаются партиями. Итак, у меня есть такая иерархия каталогов: /path/to/dir/batch_1/sample_1 /path/to/dir/batch_1/sample_2 /path/to/dir/batch_1/... /path/to/dir/batch_2/sample_1...