Вопросы по теме 'phylogeny'

Филогенетическая раскраска дерева
Я создал филогенетическое дерево ряда последовательностей ферментов, которые у меня есть. Он у меня в простом формате с отображением только очков и без раскраски. Теперь последовательности, которые у меня есть, являются ферментами рестрикции, и у...
1606 просмотров
python biopython phylogeny
schedule 25.11.2021
филогенетические деревья из слов нуклеиновых кислот
Если для последовательностей нуклеиновых кислот n составлена ​​таблица частот слов (последовательность ATG соответствует двум словам длины 2, AT и TG), то эту таблицу можно использовать (непосредственно или после уменьшения размерности с помощью...
36 просмотров
r bioinformatics tree phylogeny clustal
schedule 23.02.2022
Измените цвет края, цвет шрифта и цвет отметки на сетевом графике гаплотипов в R
Используя руководство по: Как строить круговые диаграммы в сетях гаплотипов haploNet {pegas} Я смог построить график гаплотипов для своих данных. Вот мой код: library(ape) library(plyr) library(pegas) ## example.DNAbin is the DNAbin...
736 просмотров
r plot bioconductor phylogeny
schedule 24.07.2022
Функция gheatmap (пакет ggtree) возвращает ошибку: необходимо запросить хотя бы один цвет из палитры оттенков. при построении объекта gheatmap
Я пытаюсь добавить тепловую карту к филогенетическому дереву с помощью функции ggtree gheatmap. Несмотря на отсутствие явных ошибок, появляющихся в строках, которые создают объект gheatmap, при попытке построить объект он возвращает ошибку:...
371 просмотров
r ggtree phylogeny
schedule 02.08.2022
Как увеличить максимальную ширину ветки в ggtree?
Я добавил некоторые черты к ветвям моей филограммы и увеличил ширину ветвей до их значения: library(ggtree) library(tidyverse) tree <- rtree(3, rooted = T) trait <- data.frame(node = 1:(length(tree$edge.length)+1), thing...
725 просмотров
r ggtree phylogeny
schedule 10.09.2022
Порядок филогенетических узлов
Я делаю несколько графиков в R, используя лингвистическую филогению. Я хочу построить ряд квадратов после конечного узла филогении и раскрасить их, чтобы представить ряд переменных. Я создал квадраты, но не могу раскрасить их в правильном порядке....
276 просмотров
r plot phylogeny
schedule 19.02.2023
Свяжите метки на наконечниках с филогенетическим деревом с помощью точек и исправьте переполненные метки на наконечниках
Я пытаюсь произвести реконструкцию предков, используя пакет ape and phytools в Rstudio. Моя проблема в том, что в моем филогенетическом дереве ярлыки на подсказках / названия видов переполнены и неразборчивы. В настоящее время в моем дереве есть...
456 просмотров
r plot tree phylogeny
schedule 23.10.2022
R- Как построить правильные круговые диаграммы в сетях гаплотипов haploNet {pegas} {ape} {adegenet}
При использовании пакета haploNet для создания графиков в сети гаплотипов я использовал для этого скрипт, доступный в Интернете. Однако я думаю, что что-то не так. Скрипт доступен в виде примера Woodmouse. Код, который я использовал: x <-...
1948 просмотров
r genetics phylogeny dna-sequence
schedule 18.12.2022
Установите G перед использованием MCMCglmm, с категориальным ответом и филогенезом
Я новичок в пакете MCMCglmm в R и довольно новичок в моделях glm в целом. У меня есть набор данных о видовых признаках и о том, были ли они интродуцированы за пределами их естественного ареала. Я хотел бы проверить, можно ли объяснить введение...
1518 просмотров
r bayesian glm mixed-models phylogeny
schedule 04.11.2022
Чтение филогении формата Ньюика в r с использованием каперсов
Я хочу провести сравнительный анализ, используя независимые контрасты, которые, как я полагаю, могут быть выполнены на обезьянах. У меня есть филогения семейства кошачьих в формате Newick, и когда я пытаюсь прочитать файл, я получаю следующую ошибку:...
956 просмотров
r phylogeny
schedule 18.02.2023
Не удалось прикрепить пакет treescape в R
Я сделал следующее: 1.установите пакет "devtools". 2. library(devtools) install_github("thibautjombart/treescape") Или с помощью install.packages("treescape") 3. library("treescape") Однако этот пакет нельзя подключить, и R дал...
43 просмотров
r tree binary-tree phylogeny
schedule 12.06.2023
python ete3 – сбой при создании pdf после предупреждения Gtk
Я столкнулся с проблемой, по которой не нашел никакой полезной информации. Я использую ete3 в python для автоматизации создания филогенетических древовидных фигур. Я написал некоторый код, который прекрасно работает, если я выполняю его в своей...
100 просмотров
python render phylogeny ete3
schedule 10.01.2023
Цветные линии для tangelgram - кофилоплот функции пакетной обезьяны
Я пытаюсь провести филогенетическое сравнение двух деревьев, содержащих одни и те же таксоны. Я хочу раскрасить соединения на основе сайта изоляции. Я думал, что выполнил это успешно, но в моем рабочем процессе есть ошибка, т. е. цветные линии не...
711 просмотров
r phylogeny ape-phylo ape
schedule 04.04.2023
количество строк в данных не соответствует количеству подсказок в дереве в филологическом
Кажется, я не вижу, где я ошибаюсь. Я использую пакет phylolm, чтобы сделать некоторые регрессии с филогенетическими данными. моя модель не работает и возвращает ошибку: Ошибка в phyloglm(testVar ~ ...the number of rows in the data does not match...
314 просмотров
r regression phylogeny
schedule 30.11.2022
PGLS возвращает ошибку при обращении к переменным по положению их столбца в объекте каперса.
Я выполняю PGLS между признаком и 21 переменной окружающей среды для клады видов растений. Я использую цикл, чтобы сделать это 21 раз, по одному разу для каждой из переменных среды, и извлекаю p-значения и некоторые другие значения в матрицу...
167 просмотров
r phylogeny
schedule 08.03.2023
Удаление подчеркивания из названий видов в классе phylo4d при построении точечной диаграммы
Я создал dotplot.phylo4d с помощью пакета phylosignal . При использовании названий видов требуется, чтобы подчеркивание разделяло род и вид следующим образом: Genus_species однако на самом дереве верхние узлы должны отображаться без этого...
90 просмотров
r phylogeny
schedule 11.03.2023
Преобразование филогенетического дерева в фреймворк
Я ищу способ в R преобразовать филогенетическое дерево (формат Ньюика или класс «phylo») в фреймворк. Цель состоит в том, чтобы получить хорошее представление о том, какие подсказки спускаются с каждого узла дерева. Есть ли у кого-нибудь опыт работы...
497 просмотров
r dataframe phylogeny
schedule 08.02.2023
Почему R не может найти функцию getStates
Я пытаюсь создать карту персонажей, и мне рекомендовали использовать пакеты Phylotools и Ape в R. Я установил пакеты, но когда я пытаюсь выполнить функцию getStates , появляется сообщение об ошибке: x<-getStates(nexdata,"tips") Error in...
61 просмотров
r phylogeny ape-phylo
schedule 05.01.2023
Изменение меток наконечников для многофилового объекта
Ответ и вопрос связаны с этим сообщением: Измените метки подсказок в филогении в R . У меня есть старые ярлыки для наконечников, которые я хочу заменить новыми ярлыками для наконечников из-за таксономических изменений. Как мне сделать это с...
534 просмотров
r phylogeny
schedule 31.05.2023
ggtree: цветные ветки деревьев и наконечники
Уважаемое сообщество по переполнению стека, Я хотел бы попросить вас помочь с моей проблемой. Я использую пакет ggtree для построения филогенетических деревьев, и я хотел бы показать на этих графиках больше информации, как это обычно бывает в...
747 просмотров
branch tree ggtree phylogeny
schedule 29.12.2022