Я пишу сценарий, который перенумеровывает белковые структуры (файлы CIF), а затем сохраняет их (файлы PDB: Biopython не имеет функции сохранения CIF). Для большинства файлов, которые я использую, это работает. Но для таких файлов, как 6ek0.pdb,...

Привет мастерам Perl в мире. У меня еще одна проблема с программированием. Я кодирую программу, которая выбирает случайные последовательности из файла proteom fasta с определенным входным номером. Общий фаст-файл выглядит так: > seq_ID_1...

Как скоро станет очевидно, я новичок в Python и программировании в целом. У меня есть список идентификаторов генов, хранящихся в виде текстового файла, и я хочу использовать функции Entrez для поиска в базе данных GenBank и извлечения...

Я пытаюсь нарисовать структуру белка из файла pdb, используя pymol. Однако, когда я пытаюсь запустить приведенный ниже скрипт, открывается окно pymol, но оно просто черное как смоль. Также, как ни странно, файл pdb выводится в оболочку. Вот мой...

Используя библиотеку biopython, я хотел бы добавить идентификаторы цепочек в свой файл pdb. я использую p = PDBParser() structure=p.get_structure('mypdb',mypdb.pdb) model=structure[0] model.child_list=["A","B"] Но я получил эту ошибку:...

У меня есть белковая сеть, загруженная в цитоскейп. Я хочу, чтобы узлы сети имели форму, соответствующую форме/структуре белка. Это делается для того, чтобы я мог наложить изображение сети на изображение структуры белка. Я пробовал RINanalyzer и...

У меня есть список файлов PDB. Я хочу извлечь лиганды из всех файлов (то есть гетероатомов) и сохранить каждый отдельно в файлы PDB, используя модуль Bio.PDB от BioPython. Я попробовал несколько решений, например это: Удалить гетероатомы из PDB ,...

Итак, у меня было несколько последовательностей аминокислот, которые я хотел использовать в качестве входных данных для инструмента, изучающего их взаимодействие с определенными компонентами иммунной системы человека (...

Я пытаюсь написать файл, используя сценарии tcl (через VMD). когда я набираю команду dir на консоли tk/tcl, она показывает имя файла, который я пытаюсь сгенерировать. Но когда я попытался открыть этот файл вручную в этой папке рабочего каталога, он...

У меня есть файл PDB '1abz' ( https://files.rcsb.org/view/1ABZ.pdb ), который содержит координаты структуры белка. Пожалуйста, не обращайте внимания на строки примечаний к заголовку, интересная информация начинается со строки 276, в которой говорится...