Ключевые слова: Entrez NCBI PubMed Python3.7 BeautifulSoup xml Я хотел бы получить некоторые XML-данные из списка идентификаторов Pubmed. Когда я использую URL-адрес, указанный в качестве примера на веб-сайте Entrez (...

Есть ли способ загрузить и сохранить XML-файлы, которые модуль Entrez возвращает на локальный диск? Что я сейчас делаю: fetch = Entrez.efetch(db='pmc', resetmode='xml', id=ids,...

Я использую BioPython для запроса базы данных Pubmed через API eutils. Конечная точка esearch имеет параметр сортировки, но в документации по API не перечислены все параметры для этого значения....

У меня есть список pmids, я хочу получить рефераты для них обоих в одном URL-адресе. pmids=[17284678,9997] abstract_dict={} url = https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?...

Я работаю над проектом, который требует от меня поиска pubmed с использованием входных данных из электронной таблицы Excel и вывода подсчета результатов. Я использовал xlrd и entrez для выполнения этой работы. Вот что я пробовал. Мне...

Я пытаюсь получить доступ к веб-службам PubMed, как указано здесь: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/soap/v2.0/DOC/esoap_help.html . Я написал код на java для доступа к веб-сервису, и время возврата было порядка менее 1 секунды....

Недавно, используя Biopython для извлечения реферата из Pubmed. Мой код написан на Python3 , как показано ниже: from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the...

Я пытаюсь просканировать публикации с помощью python и получить опубликованный идентификатор для всех статей, на которые была процитирована статья. Например, эта статья (ID: 11825149) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11825149 Имеет страницу со...

Я использую библиотеку веб-служб Entrez Utilities для доступа к опубликованным статьям из моего Java-приложения (используя опубликованный идентификатор). Полный рабочий пример использования этого инструмента был опубликован Renaud в этом...

Я использую BioPython для заполнения CSV-файла данных о цитатах из названия PubMed. Я написал это до сих пор: import csv from Bio import Entrez import bs4 Entrez.email = "my_email" CSVfile = open('srData.csv') fileReader = csv.reader(CSVfile)...

Я работаю над проектом по загрузке названия, аннотации, года публикации и терминов MeSH из файла CSV, состоящего из ~ 12 000 идентификаторов PubMed. Я написал код ниже: import urllib2 from bs4 import BeautifulSoup import csv CSVfile =...

Я пытаюсь использовать пакет RISmed для извлечения данных из научной базы данных PubMed. Я использовал ту же самую процедуру раньше, но теперь я не могу заставить ее работать. Пример ниже — игрушечный пример. библиотека (RISmed)...

Я собираю информацию об авторе и информацию о статье для поискового запроса в PubMed. Я успешно получаю имя автора, год публикации и другую информацию, используя entrez_fetch в пакете rentrez . Ниже приведен мой пример кода: library(rentrez)...

Я загружаю XML-файл PubMed и хочу распечатать всю статью в этом файле, вот мой код import xml.etree.ElementTree as ET tree = ET.parse('test1.xml') root = tree.getroot() for abs_1 in...