Вопросы по теме 'snakemake'
Несколько входов и выходов в одном файле Snakemake правила
Я начинаю работать со Snakemake, и у меня есть очень простой вопрос, на который я не смог найти ответ в учебнике по snakemake.
Я хочу создать файл змеи с одним правилом для загрузки нескольких файлов в Linux один за другим. «Развернуть» нельзя...
4471 просмотров
schedule
07.10.2021
Snakemake: Как использовать функцию, которая принимает подстановочный знак и возвращает значение?
У меня есть файлы cram (bam), которые я хочу разделить по группам чтения. Это требует чтения заголовка и извлечения идентификаторов групп чтения.
У меня есть эта функция, которая делает это в моем файле Snakemake:
def...
5917 просмотров
schedule
23.09.2021
Доступ к вложенным переменным конфигурации в правиле
Я новичок в Snakemake и пытаюсь понять, как / если работают вложенные значения конфигурации. Я создал следующий файл конфигурации ...
# dummyconfig.json
{
"fam1": {
"numchr": 1,
"chrlen": 2500000,
"seeds": {...
372 просмотров
schedule
28.09.2021
Snakemake: как эффективно использовать файл конфигурации
Я использую следующий формат файла конфигурации в snakemake для некоторой практики анализа последовательности (у меня есть множество образцов, каждый из которых содержит 2 файла fastq:
samples:
Sample1_XY:
-...
4095 просмотров
schedule
14.11.2021
Snakemake не выполняет команду bash
Я пытаюсь запустить небольшой конвейер в Snakemake для программного обеспечения для фильтрации хороших чтений в файлах из RNA-seq.
Это мой код:
SAMPLES = ['ZN21_S1', 'ZN22_S2','ZN27_S3', 'ZN28_S4', 'ZN29_S5' ,'ZN30_S6']
rule all:
input:...
357 просмотров
schedule
11.11.2021
Печать упрощенного графика DAG с помощью snakemake
У меня длинный рабочий процесс snakemake, обрабатывающий 9 образцов с множеством параллельных правил. Когда я создаю изображение для DAG с помощью:
snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf
полученный график dag огромен и очень...
2121 просмотров
schedule
05.10.2021
snakemake: пропущено последнее правило, изменив все командные строки
ниже мои коды snakemake, если я не закомментирую код line28,29, который является правилом all-> input-> 1-я, 2-я командные строки, тогда я не могу получить последнее правило varscan_somatic , то есть результат пробного прогона выглядит так:
Job...
63 просмотров
schedule
09.12.2021
Как добавить параметры sbatch, такие как --wait, в файл snakemake
Я не уверен, где добавить параметр --wait sbatch при использовании snakemake. Я попытался добавить его в саму команду snakemake, но получаю следующую ошибку:
Error submitting jobscript (exit code 1):
Submitted batch job 5389577
Любая...
175 просмотров
schedule
22.11.2021
Использование snakemake для копирования файла в несколько каталогов, где подстановочный знак используется для части имени цели
Я пытаюсь использовать snakemake для копирования файла в несколько каталогов, и мне нужно иметь возможность использовать подстановочный знак для части имени цели. Раньше я пробовал это с 'dirs', указанным в Snakefile (это пример, фактическое...
78 просмотров
schedule
17.10.2021
Перемещение хранилища метаданных для кластерных заданий с помощью snakemake
Я использую snakemake для отправки заданий из файловой системы AFS в очередь HTCondor. Подача начинается нормально. Задания отправлены и успешно завершены. Но после определенного момента отправка вылетает со следующей ошибкой:
OSError: [Errno...
66 просмотров
schedule
25.09.2021
Заставить snakemake запускать python2 в правиле без --use-conda
Проблема:
Изнутри snakemake (python3) я запускаю некоторое программное обеспечение, написанное на python2. Snakemake запускает программное обеспечение с использованием python3, игнорируя shebang в файле, вызывающем python2. Это чужое программное...
303 просмотров
schedule
15.10.2021
Запускайте правило Snakemake по одному образцу за раз
Я создаю рабочий процесс Snakemake, который завершит некоторые из инструменты в конвейерах nvidia clara parabricks . Поскольку эти инструменты работают на графических процессорах, они обычно могут обрабатывать только одну выборку за раз, в противном...
219 просмотров
schedule
01.12.2021
Приоритеты Snakemake: один образец завершается до начала следующего
Я использую довольно большой файл змейки, чтобы вызвать мутации для 30 пациентов. Первым этапом рабочего процесса является выравнивание. Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что планировщик змейки, кажется, сначала выполняет первый...
27 просмотров
schedule
11.09.2021
Принудительное выполнение определенного правила в конце
Мой вопрос очень похож на этот .
Я пишу конвейер snakemake, и он выполняет большой контроль качества до и после выравнивания. В конце конвейера я запускаю multiQC для этих результатов QC.
По сути, рабочий процесс выглядит следующим образом:...
77 просмотров
schedule
10.11.2021
Snakemake: как использовать одно целое число из списка при каждом вызове в качестве входных данных для скрипта?
Я пытаюсь попрактиковаться в написании рабочих процессов в snakemake.
Содержимое моего Snakefile:
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:...
100 просмотров
schedule
05.10.2021
подстановочные знаки snakemake для параллельного правила
Я пытаюсь ввести переменный параметр в скрипт python, который принимает тот же входной файл, но создает разные выходные файлы. Я хочу, чтобы правило выполнялось параллельно для любого параметра, который я предоставил. Например:
rule all:...
14 просмотров
schedule
14.09.2021
Заставить snakemake использовать в качестве входа 2 выхода правила с разными именами
Заставить snakemake использовать в качестве входа 2 выхода правила с разными именами
Я делаю конвейер по созданию змеи, в котором использую стрелку для сравнения опухоли и нормального образца. В этом случае я хочу сравнить первый элемент GERMLINE...
529 просмотров
schedule
20.02.2022
Использование контрольных точек с snakemake дает каждому экземпляру правила все входные файлы.
Я недавно наткнулся на checkpoints в snakemake и понял, что они отлично работают с тем, что я пытаюсь сделать. Мне удалось реализовать рабочий процесс, указанный здесь . Я также нашел этот вопрос о переполнении стека , но не совсем понятен об...
135 просмотров
schedule
18.02.2022
Среда Conda не активируется в snakemake для правил, объявленных как локальные
У меня проблема со Snakemake v5.26.1, и я не уверен, является ли это ошибкой или я что-то делаю не так.
У меня такое правило:
rule multiqc:
input:
expand('results/{project}/fastqc/{sample}/{sample}_R{idx}_fastqc.{ext}', project=PROJECT,...
146 просмотров
schedule
28.02.2022
Snakemake: подстановочные знаки для ключей параметров
Я пытаюсь создать правило snakemake, для которого вход и выход являются параметрами конфигурации, указанными подстановочным знаком, но с проблемами.
Я бы хотел сделать что-то вроде:
config.yaml
cam1:
raw: "src/in1.avi"
bg:...
34 просмотров
schedule
10.03.2022
