Я хотел бы разбить 8 файлов (каждый из которых представляет собой хромосому), каждый из которых содержит примерно 2e9 строк, примерно на 5 фрагментов по 4e8 строк. Это файлы VCF ( https://en.wikipedia.org/wiki/Variant_Call_Format ), которые есть...

Я пытаюсь сжать и проиндексировать файл VCF и столкнулся с несколькими проблемами. Когда я использую bgzip/tabix, он выдает ошибку о том, что его невозможно проиндексировать из-за некоторых несортированных значений. # code used to bgzip...

Я добавляю новые файлы vcf в ранее созданный файл bcf, в котором поле ID в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT ? Как установить поле ID в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT ?

Я хотел бы получить количество особей в каждой популяции в порядке чтения популяций из файла vcf. Поля моего файла выглядят так ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20180425...

У меня проблемы с простым вводом файлов в plink (я новичок в кодировании). На данный момент я просто пытаюсь сделать файл кровати в plink Недавно я запустил массив HD SNP, чтобы найти вариант номера копии. Казалось, все идет хорошо, пока я не...

Я пытаюсь преобразовать файл .vcf в правильный формат для BayeScan . Я пытался использовать PGDSpider в соответствии с рекомендациями, но мой файл .vcf слишком велик, поэтому возникают проблемы с памятью. Затем я нашел скрипт perl на...

Я пытаюсь использовать параллель GNU для преобразования отдельных файлов с помощью биоинформатического инструмента под названием vcf2maf. Моя команда выглядит примерно так: ${parallel} --link "perl ${vcf2maf} --input-vcf ${1} \...

эта проблема может показаться связанной с генетикой, но на самом деле она очень основана на программировании. У меня есть следующий файл vcf (конкретный файл txt, полученный из инструмента, называемого VEP) с заголовком и этим содержимым столбцов:...